(一)造成市场混乱
相对于核准制，少了对发行条件是否符合规定的判断，这将有可能导致垃圾股增加。在核准制制度下，证监会还需对发行人的法人治理结构、营业性质、资本结构、管理人员素质、公司竞争力等内容进行关注，而以上内容都是证监会在市场选择之前对于未上市公司未来发展的一种预测和对于未上市股票的一重筛选。如果缺少了这种初步的内在分析，只要符合上市的硬性指标，一些经营能力弱甚至是不能保证在一段时间内持续经营的公司也可以通过审核。这种混水摸鱼的现象很可能造成市场的混乱，为投资者造成困扰，带来风险。另外，注册制的实施增加了证券市场的自由度，而这会增加非法分子恶意炒作市场的可能性。
(二)上市公司不能筹到足够资金
为筹集资金而发行股票，这是公司发行股票的基本原因和目的。注册制改革使市场门槛降低，股票数量增加，而买方是有限的，供大于求，导致股价降低，很可能这些公司只是得到这样一个机会却不能达到预期的筹资效果。而且公司股票上市，需要动用大量人力、物力、财力，如果原本筹资的目的没有很好的完成，则会加大资金周转的风险。
(三)对投资者要求较高
注册制将选择权完全交给市场，这意味着对投资者考验的加大，对投资者的知识储备和经验提出了更高的要求。在股票注册制转换的初始阶段，达不到股民整体投资水平的提升，则会导致更多股民投资失败。截止至3月14日，深交所上市公司1578家，上交所959家，试想如果在注册制下，会有更多的公司上市，投资者需花费更多时间和精力去研究，增大了股票投资的投机性。
