(一)财务数据反映信息的真实性、准确性存在偏差
在运用DCF模型时多数采用在会计盈余的基础上加上非现金流出的费用来获得“现金流量”的数据。由于会计行业的保守倾向，会计准则与经济现实之间存在差距，会计报表数据本身是有局限的，从而影响模型估价的效果。即使不考虑上市公司会计数据的真实性问题，公司上市前的盈余管理行为也会影响上市公司报表反映出的业绩。对公司未来财务数据的预测就存在更大的不确定性。以盈利预测为例，统计研究显示，在1997年至1999年发行上市的沪深两地上市公司中，大多数不能完成招股说明书盈利预测所称的经营业绩。尽管近年来盈利预测的准确程度在不断上升，但仍存在一些公司为了多募集资金，提高新股发行价格，故意抬高未来预测的盈利水平，从而使盈利预测与实际偏差较大。同时，客观上也存在预测方法不完善、预测水平低等因素。
(二)信息披露的完整性和有效性不足
以核心竞争能力信息为主、公司治理信息与环境保护信息为辅的自愿信息披露制度在沟通公司经理人员与公司利害相关者、降低投资者之间的信息非对称程度，提高信息披露质量、提高市场有效性方面起着积极作用。由于我国股市发展时间较短，各种制度尚在完善中，上市公司信息披露的完整性和有效性不足。例如，由于目前IP0申报文件未对盈利预测进行硬性规定，2002年新上市公司大多数都没有出具盈利预测报告，只承诺发行当年净资产收益率不低于同期银行存款利率。在此情况下，公司未来各期的自由现金流难以准确估计。实证研究表明，使用预测收益比使用历史收益进行估算更为准确，而目前我国大多数公司用市盈率倍数法计算发行价时均按上一年的每股收益计算。
(三)估值模型所需的市场环境和前提假设难以满足
不同的估值模型均对市场与上市公司状况进行了不同假设，如果假设条件与现实情况相差太远，或者估值结果对某些假设条件的变化敏感度较高，将大大降低估值模型的适用性。
目前主要存在的问题:由于大多数上市公司由国有企业部分改制而来，公司连续经营假设缺乏依据;估值模型出自全流通市场而我国股市存在大量非流通股;估值模型有效需要一个实际股价反映公司价值的传递过程，而中国股市正从无效市场逐步向弱式有效市场过渡，市场有效性不足也会影响估值的效果。
(四)模型中的变量缺乏且难以预测
估值模型中一些重要变量，如日、贴现率、增长率等的取值比较困难，尤其是我国目前的证券市场甚至整个金融市场尚处于发展过程中，缺乏市场公认的取值标准与参照系数，很多变量需要使用者自已进行计算，并进行修正，这就给最终计算结果加人了许多主观性和不确定性，同时也降低了估值结果的可信性与可比性。我国上市公司大多经营历史短且业绩波动较大，缺乏DDM模型需要的稳定股利政策和可预测的股利增长率;缺乏市场公认的计算资本成本(贴现率)时的日值—这需要长期基础信息和数据积累。
