疾病保险基金的管理重点是用于医疗保险的医药费的管理。各国都把控制医药费的增长作为基金管理的重点内容。其对策一是控制供给，二是控制需求。控制供给的措施是：对医院作出明确的服务收费价格和报酬的限制规定；制定可用药目录和不允许使用的药品名单；制定诊断技术标准；制定对医院报酬的结算方法；改变医院支付制度，用总预算支出代替按住院日支付办法；关闭多余的医院，停止扩充床位，调整医院布局，协调大小医院之间的关系等。
不少国家通过立法和制定规章加强对医院和医生的监督检查，规范医疗服务行为。如美国1972年通过了关于审查职业标准的立法，比利时、西班牙、法国等国对医生的行为建立医疗规范示意图等。控制医疗需求的措施是：实行个人负担部分医疗费用的制度。如比利时规定，病人住院超过40天时，每天要收取一定的费用，超过90天时，日收费提高3倍至5倍。1989年每张门诊药物处方的交费额提高到50法郎，一般医生的会诊费用为65法郎，理疗费要交40％。德国1989年《医疗改革法》规定，对1/3的保险药品实行定价支付，差额由病人负担，其余2/3的药品从1992年起自付15％的费用；某些治疗辅助用品和辅助疗法的费用由病人负担；住院治疗从1991年起由每天支付5马克提高到10马克，但以14天为限。日本从1983年对老年人不再免费医疗，改为门诊治疗每月自付800日元，住院治疗每月自付400日元；从1984年起职工医疗费个人自付10％。
在我国，疾病保险用于医疗保险的基金纳入财政专户管理，专款专用，不得挪用。
基本医疗保险基金建立预决算制度、财务会计制度和内部审计制度。基本医疗保险基金存入银行的计息办法：当年筹集的部分按活期存款利率计息；上年结转的基金利息按3个月整存整取银行存款利率计息；存入社会保障财政专户的沉淀资金，比照3年期零存整取储蓄存款利率计息，并不低于该档次利率水平。个人账户的本金和利息归个人所有，可以结转使用和继承。
