目前我国医疗保险管理体系尚不健全。医疗保险是公益性事业，离不开政府的支持。但是，这种支持不等于对医疗保险管理的具体事务直接进行干预。这种十预主要来自财政和劳动部门两个方面：医疗保险基金与国家财政有一定的联系，因此，财政村医疗保险负有监督之责，以保证基金专款专用。
近年来，我国许多省份和城市都在对建立和完善医疗保险管理体制进行厂积极的探索。如海南省实行的是社会保险部门主管全部利：会保险；深圳和镇江实行的是政府调控下的综合社会保险管理模式；九江实行的是在统一的保险条例下，劳动部门主管企业的医疗保险，卫生部门主管事业机构，公务员的医疗保险；上海实行的是卫生部门主管医疗保险的模式。
根据1998年12月全国医疗保险丁作会议精神和《决定》精神，我国实行统一的医疗保险管理体制，即：劳动保障部负责对建立城镇职工基本医疗保险制度工作的指导和检查，及时研究解决工作中出现的问题；财政、卫生、药品监督管理等有关部门积极参与，密切配合，共同努力，以确保城镇职工基本医疗保险制度改革工作的顺利进行-相信一个能够适应社会主义市场经济体制要求的，管理机构统一、保障方式多层次、服务社会化、管理法制化的新的医疗保险管理体制即将建立健全起来。
