国务院从1994年起，在江苏镇江、江西九江进行城镇职工医疗保险制度改革试点；后来扩大到20多个省区的近40个城市。
1998年国务院发布《关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》，在全国范围全面进行职工医疗保障制度改革。
2002年10月，《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》提出各级政府要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度，到2010年在全国农村基本建立起这一制度。
从2003年开始，国务院按照“财政支持、农民自愿、政府组织”的原则组织进行试点。
2006年，党的十六届六中全会《关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定》提出要“建立以大病统筹为主的城镇居民医疗保险”。
2007年7月，国务院印发《关于开展城镇居民基本医疗保险试点的指导意见》，并召开全国城镇居民基本医疗保险试点工作会议，决定启动城镇居民基本医疗保险试点，将城镇非从业居民纳入医疗保险范围，建立以大病统筹为主的城镇居民基本医疗保险制度。
在推进基本医疗保险制度改革的同时，积极探索建立城乡医疗救助制度，完善补充医疗保险制度，推动商业健康保险发展。总体来看，医疗保障制度改革成效显著。
