值得注意的是，“仓至仓条款”具备如此性质，往往使一般人产生误解，认为只要采用了此条款，无论在任何阶段发生的保险风险，其损失都可由保险公司赔偿。这种认识的局限性往往导致进出口企业的经济损失，使得运输货物在某阶段的损失得不到保险公司的赔偿。究其原因，主要是人们忽视了因贸易风险的转移引起的保险利益的变化。其中的主要问题是：首先，进出口公司要得到运输货物的保险赔偿，必须同时具备四个条件：第一，所发生的风险是在保险责任范围之内。第二，所遭受的损失与发生的风险之间具有直接的因果关系。第三，在保险标的遭受风险时，索赔人对其具备保险利益，即货物损失与索赔人之间存在利害关系。第四，依照“仓至仓条款”，被保险货物遭损的时间和地点是在保险期间之内。这四个条件须同时具备，缺少其中任何一个，索赔人都不会得到赔偿。
其次，依照国际贸易习惯，买卖双方在海上运输中的风险，一般是以货过船舷为界限来划分的。即货物装船前的风险由卖方承担，装船后的风险由买方承担，所以货物在装船前对卖方具有的保险利益，装船之后转移到对买方具有保险利益。如前所述，不具备保险利益则得不到保险赔偿，因此，尽管“仓至仓条款”涵盖全部运输过程，若损失在装船前发生则索赔权仅在卖方，若损失在装船后发生则索赔权大都转到了买方。
再者，依照国际贸易习惯，不同的贸易价格条件，买卖双方所承担的权利义务也不同。仅就办理保险而言，CIF和CFR价格条件成交的业务，由卖方依照双方在合同中的约定办理保险。但如果保险公司出具的货物运输保险单是以买方为被保险人，尽管采用“仓至仓条款”，卖方在装船前的货物风险在此保单项下因不具备保险利益仍然得不到保障。
另外，根据我国习惯做法，进口公司往往采取与国内直接用户订立销售合同的方法将进口货转卖并由直接用户到港口提货。若该购销合同规定为舱底或港口交货，如处理不当就会使得因货物所有权的及早转移，本来可以依照“仓至仓条款”一直使保险责任延续至内地仓库的海上货物运输保险单失去可靠的保障性。
