驼腰子镇名源于驼腰子村名。清初，采金者将村落建在形似骆驼的山峰中，故称“驼腰子”，隶属三姓副都统管辖。
，1910年（清宣统二年），隶属桦川县久泰区。中华民国成立后，隶属桦川县第五区。东北沦陷后，初隶永丰镇保，后隶小石头河村。
1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年6月划归新设置的桦南县，设置驼腰子特别乡。
1947年4月，设置驼腰子区。中华人民共和国建立后，1950年7月改为第六区。
1956年4月，并村划乡，设置驼腰子乡。
1958年9月，改称驼腰子人民公社。
1984年4月，改为驼腰子乡。
1988年3月，改设驼腰子镇。
