南北朝时期建立过巴山县，具体位置据《太平寰宇记》记载，“在县西南二十一里”，历时53年。
隋朝还建过巴陵县，具体位置据《太平寰宇记》记载，“在县西南一十三里”，历时5年。
历史上崇仁这块地域，还曾建置过巴山郡。
隋开皇九年（公元589年）开始，置崇仁县。自此开始，一直隶属抚州。
元属抚州路，明、清隶属抚州府，1949年隶属抚州专区。
1970年隶属抚州地区，1984年5月31日，桃源公社分设桃源乡、张坊乡；相山公社分设相山乡、山斜乡、港下乡。
1985年3月15日，撤销相山乡，设置相山镇。
1993年1月3日，撤销航埠乡、礼被乡、孙坊乡、河上乡，设立航埠镇、礼被镇、孙坊镇、河上镇。2001年撤地设市，隶属地级抚州市。
