来安县历史悠久。境内顿邱山遗址发现的石器、陶瓷和骨器证明，在新石器时代，县境便有人类栖息繁衍。
周初，属徐国。
春秋时，先属吴，后属楚。
战国时，属楚。
秦始皇二十六年（前221年），在水口镇东城埂置建阳县，属九江郡。
汉初，属淮南国。武帝元狩元年（公元前122年）复九江郡。
东晋，在县城东侨置顿邱郡，后废郡为顿邱县。
梁，在半塔镇置高塘郡。
北周，废高塘郡置高塘县。
隋开皇初，高塘县并入顿邱县，改称新昌县。
隋开皇十八年（598），改新昌县为清流县。
唐景龙三年（709年），在今新安镇瓦岗村置永阳县。
南唐中兴元年（958年）改永阳为来安县。
南宋绍兴五年（1135年），省来安县入清流县。
南宋绍兴十八年（1148年），复置来安县，县治在大雍（用）镇（今新安镇）。
明洪武初，来安县并入滁州。
洪武十三年（1380年），复置来安县。属六部凤阳府滁州。
洪武二十二年（1389年），属京师直隶滁州。
永乐元年（1403年），属南京直隶滁州。
清顺治二年（1645年），属江南行省安庐滁和道滁州。
康熙六年（1667年），属安徽省直隶滁州。
民国 元年（1912年）4月，来安县直属安徽省。
民国3年（1914年）6月，属安徽省泗淮道。
民国17年（1928年）8月，废道，直隶安徽省。
民国21年（1932年）10月，属安徽省第五行政督察区。
民国30年（1941年）1月24日，属安徽省第九行政督察区。
民国32年（1943年）2月，属中共淮南苏皖边区委员会。
民国33年（1944年）4月1日，由安徽省第五行政督察区代管。
抗日战争胜利后，复属安徽省第九行政督察区。
民国38年（1949年）1月22日，来安县全境解放。同年4月21日，属皖北行署滁县专区。
1952年4月12日，属安徽省滁县专区。
1956年1月12日，属安徽省蚌埠专区。
1961年4月13日，属安徽省滁县专区。
1992年12月，属安徽省滁州市。
版本二：
来安县历史悠久。境内顿邱山遗址发现的石器、陶瓷和骨器证明，在新石器时代，县境便有人类栖息繁衍。
春秋战国 先后为楚、吴、越分踞。秦始皇二十六年（前221年），在今县水口镇东城埂置建阳县，属九江郡。东汉光武帝时将建阳并入全椒。三国 先属吴，后属魏。东晋侨置顿邱郡，后废郡为顿邱县。南北朝 宋 属南谯郡，梁改南谯郡为北谯郡。
隋，开皇（公元 581～ 600年）初，废北谯郡，置滁州。唐，武德三年（公元620年）复置滁州。天宝元年（公元742年），改滁州为永阳郡。唐景龙三年（709年）析永阳郡清流县东部置永阳县。干元元年（公元758年），改“永阳郡”为“滁州”。五代·南唐李璟中兴元年（958年）改永阳为来安县，县治在今县新安镇瓦岗村。
宋属滁州，隶属淮南路，后属淮南东路。南宋绍兴十八年（1148年）迁县治于大雍（用）镇（今县城新安镇）。元来安属滁州，初隶滁州路，后隶扬州路。明朝来安属滁州。公元1386年，升滁州为直隶州，来安县属之。清朝来安县属江南省滁州。康熙六年（公元1667年），设安徽省，来安县属安徽省滁州。
民国 元年（公元1912年）4月，来安县直属安徽省。
民国二十一年以后，属安徽省第五专区。
1949年元月，来安县解放。4月改属皖北行署滁县专区。
1952年4月12日改属安徽省滁县专区。
1956年元月12日滁县专区并入安徽省蚌埠专区。
1961年4月13日滁县专区脱离蚌埠专区，来安县属滁县专区。
1971年3月29日，滁县专区改名为滁县地区，来安县隶属其不变。
1992年底，撤销滁县地区，设立滁州市（地级），来安县属其管辖。
