康熙30年（1691年），清政府在3个“扎兰”、5个“阿巴”的基础上组建了布特哈（满语，汉语译为“渔猎、打牲”之意）八旗，将达斡尔、鄂温克、鄂伦春人编在八旗之内，在嫩江西岸宜卧后屯（今内蒙古自治区莫力达瓦达斡尔族自治旗尼尔基镇北）建立了总管衙门，管理八旗事务。扎兰屯境内雅鲁河畔的鄂温克人被编入了镶红旗，济沁河畔的鄂伦春人被编为正蓝旗，旗衙门合设在雅鲁河畔的扎兰屯，也称“扎兰衙门”，派“扎兰章京”（也称“甲喇章京”。“章京”为官职名，清代军职多称章京，为满语的音译，如参领被称为“扎兰章京”），坐镇扎兰屯，司掌两旗的军事、行政与司法事务。
中东（东清）铁路修通以前，这里山高林密，河流纵横，禽珍兽异众多，为历代北方少数民族栖息、游猎的理想之地。自
实行垦荒政策及1903年中东铁路全线通车，大批流民自冀、鲁、豫、黑、吉、辽等地纷纷涌入，使扎兰屯地区人口逐渐增加，农、工、商各业初露端倪。
光绪二十年（1894年），清政府裁撤布特哈总管衙门，将其升为布特哈副都统，副都统由�宋云媲ㄗげ┒啵ń�黑龙江省讷河市）。不久，裁撤旧92佐，新组建布特哈八旗，以嫩江为界，分设东西两路布特哈，东布特哈总管衙门驻博尔多，西布特哈总管衙门驻宜卧奇。扎兰屯境归属西路布特哈，驻“扎兰章京”衙门废止，改设官庄，专司收容、管理关内流入人口和垦荒事宜，编为军籍屯田。
民国四年（1916年）3月1日，为管理自行流入的垦荒农民和发展招垦事业，黑龙江省在现扎兰屯市境内的济沁河和扎兰屯分别设置稽垦局，“承总管之命，输垦务，以招徕佃户，督催垦辟，暨清理荒地谬葛，设法振兴街墓之事。”同时设置管理土地开放等行政事务的佐治局，专事土地开发及管理事务。
民国十四年（1926年）2月2日，济沁河、扎兰屯两稽垦局废止，改设雅鲁设治局（成立县条件尚不成熟，暂时设此机构，待条件成熟后改局为县），驻扎兰屯街，归属黑龙江省龙江道。此为现扎兰屯市境正式设治之始。
民国十七年（1929年）1月9日，雅鲁设治局改升为三等县，定名雅鲁县，归黑龙江省管辖，设雅鲁知事，县署驻扎兰屯街。同年2月15日雅鲁县公署改为雅鲁县政府，县知事改设县长，设县长、副县长、秘书长等职，下设总务科、行政科、财务科、建设科、产业科、警察局和扎兰屯街公所，并将辖区划分为三个区，第一区为扎兰屯街，辖11个乡；第二区为济沁河区，辖3个乡；第三个区为博克图区，辖2个乡。
日本帝国主义侵占东北并于1932年（大同元年）建立傀儡政权伪满洲国后，伪满洲国国务院设立兴安局，不久改为兴安总省，并开始实行省公署官制。6月5日，兴安总省在大兴安岭东麓扎兰屯地区设立兴安东分省，并在齐齐哈尔设立兴安东分省公署临时办公处。6月27日，裁撤雅鲁县，在原行政区设立布特哈左翼、右翼两旗，布特哈左翼旗驻扎兰屯，布特哈右翼旗驻博克图。
1933年1月27日，兴安东分省临时办公处由齐齐哈尔移驻扎兰屯，在扎兰屯正式建立兴安东分省公署。5月10日，兴安东分省将布特哈左翼、右翼两旗合并，建立布特哈旗公署，同驻扎兰屯。兴安东分省下辖布特哈旗、阿荣旗、喜扎嘎尔旗、莫力达瓦旗和巴彦旗5个旗。公署内设省长、副省长、参事官等职，下设总务厅、民政厅、警务厅3个厅。兴安东分省还设有保安司令部，下辖3个团，总兵力约500人，主要承担维持地方治安、肃清土匪等任务。布特哈旗公署设旗长、副旗长、参事官等职，内设庶务、内务、开拓、警务4个科11个股，下辖恩和、乌尔吉、济沁河、博克图5个努图克（区）和扎兰屯办公处（街）。
1934年（康德元年）12月1日，为加强对地方政权的控制，伪满洲国当局将东北和内蒙古东部地区划为十四个省，兴安东分省随之改为兴安东省。
1940年扎兰屯办公处改为扎兰屯街公所，博克图努图克提升为行政公署。
1943年10月，伪满洲国取消兴安四省，建立兴安总省，省公署设在王爷庙（今乌兰浩特市），原兴安四省为总省派出机构，兴安东省随之撤销，布特哈旗划归兴安总省。
1945年8月17日，苏联红军进驻扎兰屯，日伪政权随之垮台。这一时期，共产党在这一地区活动尚未公开，国民党鞭长莫及，无力接管。在这种复杂、特殊历史背景下，当地上层人物、绅士、富商积极活动，经苏联红军同意，建立了扎兰屯地方维持会，各努图克也建立了地方维持会。9月12日，扎兰屯地方维持会改为布特哈旗解放委员会。解放委员会设委员长、副委员长、顾问等职，下设总务、联络、复兴、宣传、救济、公安6个处，并在大河湾等地建立5个分区。12月4日，布特哈旗解放委员会宣告解体。原兴安东省地区的蒙古、达斡尔等少数民族上层人士和知识分子，共同建立兴安地区行政公署，归属筹建中的东蒙自治政府。兴安地区行政公署内设秘书室和总务、民政、实业、内防4个处，仍辖布、阿、莫、巴4个旗（喜扎嘎尔旗撤销）。
1945年冬至1946年春，中共嫩江省工委、中共中央东北局相继派夏辅仁、苏林以及张策、王盛荣等人来扎兰屯开展工作，并根据东蒙自治政府的指示，依靠达斡尔等民族上层人士和知识分子，于1946年3月27日在扎兰屯召开纳文慕仁盟人民代表大会，于5月3日建立纳文慕仁省政府，公署设在扎兰屯。5月13日，纳文慕仁省政府发布命令，撤销雅鲁县政府，建立布特哈旗政府。布特哈旗政府于7月25日正式办公，内设总务、行政、公安3个科。根据1946年4月3日乌兰夫在承德主持召开的“四.三"会议精神,东蒙自治政府决定将所辖各省政府一律改为盟政府，纳文慕仁省政府遂于6月27日改称为纳文慕仁盟政府，内设秘书、民政、实业、公安4个处。
1946年10月内蒙古自治运动联合会成立后，在扎兰屯设立了内蒙古自治运动联合会东蒙总分会驻扎兰屯办事处，为内蒙古自治运动联合会派驻机构。
1947年4月23日内蒙古自治政府成立，东蒙总分会驻扎兰屯办事处随之撤销。
1947年5月1日后，归属内蒙古自治政府纳文慕仁盟政府领导。
1948年2月，根据内蒙古自治政府命令，恢复建立布特哈旗政府，归属纳文慕仁盟政府。8月7日，为精简机构，撤销布特哈旗政府，旗政府由纳文慕仁盟政府兼管，盟长兼任旗长。同月，建立城镇和农村两个中心区委，分别领导城镇和农村工作，1949年4月撤销。
1949年1月后，布特哈旗为呼伦贝尔盟（简称呼纳盟）辖区。4月11日，根据内蒙古自治区人民政府命令，纳文慕仁盟同大兴安岭西麓的呼伦贝尔盟合并，建立呼伦贝尔纳文慕仁盟（简称呼纳盟），4月23日，恢复建立布特哈旗政府，隶属于呼纳盟。1950年1月23日，根据内蒙古自治区人民政府命令，布特哈旗所属博克图努图克（区）及所属巴林、雅鲁两嘎查（村）划归喜桂图旗（今牙克石市）。
1953年4月，根据内蒙古自治区人民政府命令，撤销呼纳盟政府，设立内蒙古自治区东部区行政公署。
1954年4月内蒙古自治区人民政府决定撤销东部区行政公署，将这一地区的呼纳盟、兴安盟合并为呼伦贝尔盟，布特哈旗隶属于呼伦贝尔盟。1956年5月9日，全旗行政区划进行重大调整，其中扎兰屯区改为扎兰屯镇，并将镇区划为东、南、西、北、中五个区。
1969年8月1日，布特哈旗随呼伦贝尔盟划归黑龙江省。
1979年7月，布特哈旗随呼伦贝尔盟复归内蒙古自治区。
1983年10月10日，国务院批准，撤销布特哈旗，设立扎兰屯市（县级），翌年1月1日，正式撤旗设市。
