交州合浦郡，南朝末元嘉设末寿郡，梁代设安州。
唐武德五年改宁越郡为钦州总管府，元改为钦州路。
明、清时属永乐乡，民国19年始设黄屋屯镇，民国30年改为乡。
中华人民共和国成立后，1950年划为黄屋屯乡，1951年春分为12个小乡(镇) ，1957年7月拨入钦北壮族自治县 ，12个小乡合并为黄屋屯、屯安、屯显3乡，1958年秋并入大寺大公社， 11月15日随钦北县并回钦县，设黄屋屯大公社，1959年分设黄屋屯公社。
1984年9月改为乡，1989年9月复为镇，镇治所在黄屋屯圩。
1994年6月28日，经国务院批准，撤销钦州地区，设立地级钦州市，钦州市分钦南区和钦北区，黄屋屯镇属钦南区。
