秦王朝建立后实行郡县制，龙子湖区地域属九江郡曲阳、钟离等县分领。
至南宋宝祐五年（1257年），龙子湖区地域属濠州钟离县。
元至元二十八年（1291年）撤销怀远军，改荆山县为怀远县，龙子湖区地域属钟离县。
明洪武年间，钟离县先后改为中立县、临淮县，增设凤阳县；龙子湖区地域属凤阳县。
清同治二年（1863年），划凤阳县马村沟以西、怀远县席家沟以东、灵璧县后楼为蚌埠独立行政区，置三县司，直属安徽省凤阳府。
民国一年（1912年）中华民国成立，废凤阳府，怀远县、五河县直属安徽省，后属安徽省淮泗道。龙子湖区地域划属凤阳县。
民国十六年（1927年）南京国民政府成立，正式废道，凤阳县直属安徽省。
1929年初，蚌埠成立市政筹备处，翌年撤销，仍属凤阳县。
民国三十八年，1949年1月20日，蚌埠解放。10月1日新中国成立后，龙子湖区地域属蚌埠市。
