秦始皇二十六年（公元前221年），秦完成统一，在全国建立郡县制度。蕲地设县名蕲县，属泗水郡。
汉高帝四年（公元前203年），泗水郡改为沛郡，郡治相城，蕲县隶属沛郡。
汉宣帝地节元年（公元前69年），沛郡改为彭城郡，蕲县隶属彭城郡。
汉宣帝黄龙元年（公元前49年），彭城郡复改为沛郡；蕲县隶属沛郡。
王莽建新朝（公元9年），在蕲县设蕲城郡。
汉献帝建安二十四年（公元219年），沛国分置谯郡，蕲县废郡隶属谯郡。
三国魏，蕲县属谯郡。三国后期蕲县属魏国汝阴郡。
西晋初年，蕲县属谯郡。
南朝宋，在蕲县设置谯郡；南朝齐时在蕲县设北谯郡；南朝梁时在蕲县设置蕲城郡。北魏蕲县为南兖州。北朝齐后期在蕲县设置仁州，并析置龙亢郡。
南朝宋文帝元嘉二十年（443年），谯郡辖蕲县。
武帝永明九年（491年），改蕲县为蕲城郡。
北齐文宣帝天保二年（551年），复置蕲城郡。
隋文帝开皇九年（589年），蕲城郡废。隋炀帝大业初，仁州废复为蕲县，隶属彭城郡。
唐太宗贞观年间蕲县隶属徐州。
唐高宗显庆元年（656年），将毂阳（今固镇南）并入蕲县。
唐宪宗元和四年（809年），置宿州，蕲县隶属之。
文宗太和三年（829年），宿州废。
七年（833年）于蛹桥复置宿州。宋太祖建隆元年（960年），宿州建为保靖军节度使，属淮南路。蕲县属淮南路。
神宗熙宁五年（1072年），蕲县属淮南东路。
元世祖至元二年（1265年），废蕲县，并入宿州，隶属归德府（今商丘）。
明太祖洪武元年（1368年），宿州先后改属临濠府、中立府、凤阳府。
清顺治二年（1645年），置江南省，宿州改属江南承宣布政使司，蕲乡隶属宿州。
中华民国元年（1912年），宿州改为宿县。蕲县为宿县16个辖区之一。
民国二十四年（1935年），宿县湖沟设第六区署，蕲县集属宿县第六区署。
抗日战争时期，国、共、日伪多种政权并存，归属错综复杂。共产党领导的抗日民主政权所辖蕲县地区先后归宿蒙、宿灵、宿怀县领导；
民国三十二年（1943年）3月，蕲县属宿南区抗日民主政府管辖；日伪政权蕲县归属湖沟。
民国三十四年（1945年）8月至民国三十七年（1948年）11月，蕲县属国民政府宿县湖沟区。
民国三十七年（1948年）11月至民国三十八年（1949年）2月，蕲县属宿怀县宿南区，区洽蕲县集。
民国三十八年（1949年）2月，怀远县与宿怀县合并，1945年划归宿怀县的蕲县区归属宿县。
1958年9月，蕲县人民公社成立，公社管委会治所设在蕲县集。
1961年10月，重建蕲县区，驻地蕲县集。
1969年2月，区划调整，新的蕲县人民公社建立，驻地蕲县集。
1992年3月，宿县并人宿州市（地辖市），蕲县镇隶属宿州市。撤区并乡建蕲县镇，驻地蕲县集。
1999年11月，行政区划调整，蕲县镇隶属宿州市埔桥区。
