本区最初仅是一L形市街，县城迁于本地后一度成为府城以南最为繁荣的市街；后逢打狗（今高雄港北部一带）崛起，日本人大力建设其邻近之街市，凤山地区人口便逐渐落后于打狗
1909年凤山厅裁撤，高屏地区分属台南厅、阿缑厅管辖，凤山不复为高屏地区总称。
1920年高雄州成立，本区属其下辖之凤山郡凤山街；本区为凤山郡治，除凤山街外，尚辖有小港庄、大寮庄、仁武庄、林园庄、大树庄、鸟松庄。
1924年高雄市成立，凤山为其外围卫星市街之一，台湾日据时期末年复将高雄车站由哈玛星（浜线、はません，今鼓山区西南一带）迁至今址（大港埔），高雄与凤山市区之间的农地逐渐都市化，共同构成高雄都会区之核心。
1945年光复后，国民政府迁台，设高雄县，本地改称凤山镇，属其下辖之凤山区（辖区与凤山郡相同，于1950年裁撤）。
1946年3月31日，高雄县政府由高雄市（时为省辖市，不属高雄县管辖）迁至凤山镇，凤山始为高雄县首府。
1972年凤山镇改制为高雄县凤山市。
2010年行政院五都改制案通过，高雄县市合并，改为“高雄市凤山区”。次年高雄市议会决议将会址迁至凤山区的原高雄县议会会场。
凤山二字之典故取自高雄市小港区与林园区、大寮区界间之凤山丘陵，山形似凤而名，但并不在今凤山区境内。
今日所谓凤山地区由来自日据时期的凤山郡，除小港区因较早并入高雄市而不属之，其余昔日属凤山郡所辖之市辖区皆含括在内。
本区历年所属行政区列表
|起讫年份|行政区
|1788～1895|凤山县大竹里
|1895～1896|台南民政支部凤山出张所
|1896～1897|台南县凤山支厅
|1897～1898|凤山县凤山办务署
|1898～1901|台南县凤山办务署
|1901～1909|凤山厅（厅直隶）
|1909～1920|台南厅凤山支厅
|1920～1945|高雄州凤山郡凤山街
|1945～1950|高雄县凤山区凤山镇
|1950～1972|高雄县凤山镇
|1972～2010|高雄县凤山市
|2010～至今|高雄市凤山区
