清乾隆四十年(1775年)，划民安、翔风两里及同禾里的五、六、七都设散厅，称马巷厅，隶属于泉州府。
光绪年间，万友正曾经为“马巷厅”编写过《泉州府马巷厅志》18卷，为清代福建省地方方志史料之一。
民国时期，全国实施“废厅改县”，废除马巷厅，理应改制为“马巷县”。但意外的是，当时马巷厅并没有被因此改制为“马巷县”，而是马巷镇改归同安县管辖，同安县方面再派“马巷县佐”来镇上治理。
1955年10月，改设马巷乡，并归马巷区。
1956年6月，复称马巷镇。
1959年2月，改设马巷公社。
1961年9月，原马巷镇区称马巷公社（仅有五星大队），归马巷区管辖。
1964年4月，原马巷镇区5个村划归马巷公社。
1984年4月，马巷公社更名后滨乡，马巷镇恢复。
1987年，后滨乡撤销并划归马巷镇。
1997年05月01日，同安撤县设区，属于同安区。
2003年10月设立翔安区，划归翔安区管辖。
