1649年，清政府设鄂尔多斯左翼后旗和鄂尔多斯右翼后旗。现今的杭锦后旗地区，蛮会镇和团结镇为鄂尔多斯左翼
后旗的辖地。陕坝镇、二道桥镇、头道桥镇、三道桥镇、双庙镇、沙海镇为鄂尔多斯右翼后旗的辖地。
民国元年（1912年），民国政府将鄂尔多斯左翼后旗更名为达拉特旗，将鄂尔多斯右翼后旗更名为杭锦旗（因其辖地原为突厥族“杭锦”部落所有，故名）。
1942年，傅作义在河套地区实行新县制后，划出五原县和临河县的部分地区，新建狼山县、米仓县。从1942年6月14日至1953年9月27日期间，现今杭锦后旗的蛮会镇和团结镇为狼山县四区辖地，陕坝镇（包括原红旗乡）为临河县三区辖地，其余地区为米仓县辖地。这一时期，绥远省政府在河套地区实行“蒙汉分治，旗县并存”的政策。比如在米仓县地区的居民，蒙族隶属杭锦旗领导，汉族隶属米仓县领导。即使在一个自然村里杂居的群众，也各有权属，各归自己的旗政府或县政府领导。
1953年9月28日，经国务院批准，正式废除旧社会遗留下来的“蒙汉分治，旗县并存”政策，将米仓县划归杭锦旗。但这一决策尚未实施，就因黄河阻隔，两岸交往不便，给管理带来诸多困难，故随即决定以黄河为界，将杭锦后旗一分为二，黄河以南地区仍称杭锦旗，黄河以北地区命名为杭锦后旗。
1958年8日，将原狼山县四区即蛮会镇、团结镇划归为杭锦后旗，后又将临河三区即陕坝镇（包括原五星、光荣、红旗、跃进）划归杭锦后旗。至此，杭锦后旗的行政区域基本固定下来。
