宝轮镇古代
夏、周时，今宝轮境处于从中原入蜀的主道上而成为重要的军事和政治重镇。
公元前2070年—前1600年间，夏朝第二代君王启在宝轮分封了诸侯国“胤”。
公元前1100年，巴人首领廪君在宝轮建立巴国。
公元前368年—前316年间，蜀王开明氏之弟苴侯在今宝轮以南的昭化建立了苴国都邑。
秦灭蜀后于299年在这一带建立了葭萌县。
宋代在此建立佛寺宝轮寺，宝轮院由此得名。
宝轮镇民国时期
民国二十四年（1935年）夏，国民政府统一四川政权后，昭化县划归四川省第十四行政督察区（治剑阁）。是年底，全县改乡镇为联保保甲制，各联保以序号命名，宝轮设为第六联保，属第一区（治城关）。
民国二十六年（1937年）昭化县整编联保，设宝轮联保办事处，仍属第一区。
民国二十九年（1940年）1月，废除宝轮联保办事处，改置为宝轮镇，由第一区公所管辖，开始实行乡镇保甲制。
民国三十四年（1945年），全县定乡镇编制，除保留城厢镇为甲等镇外，其余4镇均改为乡，为乙等乡编制，增设第四区公所，宝轮镇改为宝轮乡，属第四区。
民国三十六年（1947年）秋，撤销第四区，将宝轮乡划归第三区为县的直属区。
宝轮镇新中国时期
1949年12月，昭化县人民政府成立，暂时仍沿袭旧的区划。
1950年2月，将原旧制改为4个县辖行政区（5月增设五区），划设宝轮区（为第二区），治地宝轮院，设立中共第二区委、区公所（昭化县委、县政府派出机构），开始建立乡、村两级政权，相继改甲为村、组。同年，昭化县政府驻地迁至宝轮，此地遂成为新的昭化县城。
至1951年底，全县复置和新建45个乡，1951年复置宝轮乡，宝轮区辖宝轮等9个乡。
1952年11月7日，昭化县进行全县区、乡行政区划调整，宝轮为第一区人民政府，辖宝轮等11个乡。
1953年，宝轮乡分出村、组，建置宝轮镇。同年9月，第一区人民政府改为宝轮区公所，恢复为县的派出机构性质。
1955年12月13日，全县进行区划调整，撤销下寺区，所属7个乡全部划归宝轮区，宝轮区辖宝轮镇和10个乡。
1956年11月2日，根据绵阳专署通知，撤销宝轮区公所，所属1镇6乡为昭化县的直属乡镇，宝轮镇直属昭化县。
1958年撤销下寺区公所，恢复宝轮区公所，下寺区属乡划归宝轮区。
1959年昭化县并入广元县后，广元全县改分为14个区公所，2个镇和70个人民公社，宝轮镇仍属宝轮区。
1985年2月，广元撤县建市，广元县改为广元市市中区，宝轮区改属市中区（2007年更名为利州区）。
同年11月，撤销宝轮区和石龙乡，石龙乡所属行政区域并入宝轮镇升级为区级镇。
2012年12月，国务院批准省级四川广元经济开发区升级为国家级广元经济技术开发区后，广元市委、市政府为扩大开发区托管区域，2013年5月30日，正式将宝轮镇石龙村、肖家村、白龙村划归广元经济技术开发区管理委员会石龙办事处管理。
