1996年4月22日，国务院批准（国函[1996]29号）同意调整长沙市行政区划；行政区划调整后，雨花区辖原南区的左家塘、候家塘、井湾子、圭塘、南大路5个街道，原郊区的的黎托、洞井、雨花亭3个乡，区人民政府驻人民路4号。
1996年6月19日，长沙市人民政府《关于调整市辖区行政区划的通知》：雨花区辖原南区左家塘、候家塘、井湾子、圭搪4个街道，原郊区黎托、洞井、雨花亭3个乡（不含石人、新开、渔场3个村）和马王堆乡的五一、火焰、友谊、高桥4个村。区人民政府驻人民路4号。行政区域四至范围：东面以黎托乡与长沙县聚梨镇、黄兴镇、跳马乡乡界为界；南面以洞井乡与长沙县跳马乡、暮云镇乡界为界，西面以芙蓉路（识字岭起）至新中路、韶山路、中意路至洞井乡与大托乡乡界为界，与天心区接壤；北面以人民路（识字岭起）至花桥及浏阳河为界，与芙蓉区毗邻。
2005年底，雨花区辖8个街道、1个镇、1个乡：侯家塘街道、左家塘街道、圭塘街道、砂子塘街道、东塘街道、雨花亭街道、高桥街道、井湾子街道、洞井镇、黎托乡。区人民政府驻人民路4号。
2010年，经湖南省民政厅和长沙市人民政府批准，雨花区撤销洞井镇、黎托乡，设立洞井街道、黎托街道。12月31日，洞井、黎托2个街道办事处正式挂牌成立。
2012年1月1日，根据《长沙市人民政府办公厅关于析置雨花区洞井、黎托街道并启用井湾子街道的通知》，雨花区将洞井街道析置为洞井、同升两个街道，将黎托街道析置为黎托、东山两个街道，同时启用原与雨花亭街道合署办公的井湾子街道，将雨花亭街道拆分为雨花亭、井湾子两个街道。
2015年1月14日，原属长沙县的跳马镇划入雨花区。
