南朝齐永明元年（483）析龙川地置河源、新丰二县，仍属南海郡。南朝梁天监年间（约502）析南海郡置梁化郡（即惠阳梁化），河源改属梁化郡辖。
隋文帝开皇元年（581）平陈后改梁化郡设置循州（今惠州）。开皇十一年省龙川，并入河源县，为循州属。十八年，改新丰为休吉县。隋大业初年（605）又省休吉，并入河源县，改循州为龙川郡，河源属龙川郡辖。
唐高祖武德五年（622）龙川郡复名循州，析河源置石城县。唐贞观元年（627）又罢石城县。唐中宗嗣圣年
间（约684）改循州为雷乡郡，唐玄宗天宝四年（745）改雷乡郡为海丰郡。唐肃宗乾元元年（758）又改称循州。至南汉（958），刘鋹迁循州于雷乡，改旧循州治为祯州，河源与博罗、海丰、归善县均属祯州辖。
宋真宗天禧四年（1020），因避仁宗赵祯御名，改祯州为惠州。徽宗宣和二年（1120）改惠州为博罗郡。高宗绍兴三年（1133）复称惠州。元世祖至元十六年（1279）惠州升为路，河源属惠州路辖。
明太祖洪武元年（1368），惠州路改为府，河源属惠州府辖。崇祯六年（1633），河源分割忠信二图之地置连平州，并兼管河源、和平两县。
清朝，河源属惠州府辖，是惠州府属的中心地区。
民国八年（1919），河源属广东潮循道，随后即废。道制废后，中级地方行政机构久不设置。
民国十四年
（1925）广东统一，河源隶属东江行政委员会公署。
民国十七年（1928）河源属东江善后委员会公署辖。
民国二十一年（1932），属东江绥靖委员会公署辖。
民国二十五年（1936），河源隶属广东第四区行政督察专员公署。
民国二十九年（1940），奉行政院指令第四区行政专员公署由惠州移驻河源。
民国三十八年（1949），改称第六区行政督察专员公署。
建国初期，河源属东江专区。
1953年属粤东行政区，后属惠阳专区。
1959年，惠阳专区撤销，属韶关专区管辖。
1963年，恢复惠阳地区，河源又划归惠阳地区辖，直至1987年年底。
1988年1月，经国务院批准撤销河源县，设置河源市（地级市）。原河源县被分拆为源城区和郊区（后改为东源县）。原河源县的东埔镇、源城镇、埔前镇和高埔岗农场划为源城区辖区，其余划为郊区（今东源县）管辖。
