原本只可经文锦渡往返，为舒缓中港道路交通需求。深、港两地政府协议，由香港政府兴建落马洲口岸，连接至深圳皇岗口岸。
1989年12月29日货检通道正式通车。
1991年8月8日，客运部分正式开通。口岸开放初期通关时间由每日早上9时至下午5时。由于落马洲的车辆流量较文锦渡为大，渐渐便成为香港与中国内地间最主要的陆路口岸，通关时间亦不断延长，2001年12月1日延长至早上6时30分至凌晨零时。
2003年1月27日，为应付凌晨时分市民往返内地的需求，正式实施24小时通关。
2005年5月22日下午1时，深圳市政府以爆破形式拆卸皇岗口岸附近的渔农村18幢楼宇，落马洲至皇岗的过境交通暂停约半小时，是落马洲口岸在正常情况下首次暂时封关，拆卸工作顺利完成。
