南北朝北周建德六年（577）置秭归郡，避郡县同名而改秭归为长宁县。
隋开皇三年（583）罢天下诸郡，改长宁为秭归。
唐武德二年（619）置归州，天宝元年（742）改置巴东郡，治秭归。乾元元年（758）复置归州。
宋时仍名归州。
元至元十四年（1277）升为归州路，十六年（1279）降为州。
明洪武九年（1376）废归州置秭归县，隶夷陵州。十年（1377）再改秭归为长宁县，十三年（1380）裁长宁县复置归州。
清雍正七年（1729）置归州为直隶州，隶属湖北省。雍正十三年（1735）升夷陵州为宜昌府，归州直隶州降为县级州，属宜昌府，不再辖县。
中华民国元年（1912年）改为秭归县。
隶属荆南道。
民国11年（1922），隶属荆宜道。
民国21年（1932），隶属第九行政督察区。
民国25年（1936），隶属第六行政督察区。
中华人民共和国建立后仍名秭归县，1949年～1991年，先后隶属宜昌行政区专员公署、宜都工业区行政公署、宜昌专员公署、宜昌地区革命委员会、宜昌地区行政公署。
1992年，宜昌地区行政公署和宜昌市人民政府合并，成立宜昌市人民政府，秭归县隶属宜昌市。
