据考证和考古发现，峪口村成村于汉代。峪口村北沿山台地发现大面积汉、唐时期的单室、多室砖拱墓和石拱墓，出土文物有汉陶罐、唐碗等。南、北杨家桥村汉已成村，有居住遗址。中桥、大官庄，辽代成村。厂门口村宋代已成村，据传村北高地是杨家将的马场，现遗址尚存。桥头村也于宋代成村，村东小河上有座石桥（桥基尚存），传第杨家将所建。其余各村成村于明、清。
峪口镇域于1946年由本市密云县、河北省三河县划入平谷县。其中坨头寺、胡辛庄、黎各庄原属密云县，其余各村原属三河县。时属五区，区公所驻地峪口。
1950年全县7个区并为5个区，仍属五区。
1953年区下设乡（镇），为蔡坨乡、西樊各庄乡、北杨家桥乡、峪口镇所辖。
1956年撤区并乡，为峪口乡、西樊各庄乡所区。
1958年成立人民公社，属峪口人民公社峪口管理区。
1961年撤消峪口管理区改建峪口人民公社。
1965年北杨家桥人民公社并入峪口人民公社。
1974年北杨家桥人民公社又划出，复设北杨家桥人民公社。
1984年恢复乡制为峪口乡、北杨家桥乡。
1990年改乡建镇，为峪口镇。
1999年北杨家桥乡并入峪口镇。镇政府驻地峪口。
