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但是，目前人工湿地也暴露出一些问题:一是人工湿地受环境条件特别是区域地理和气候条件限制。比如在黄河以北建设的湿地，冬季难以发挥净化作用，夏季暴雨雨水对湿地造成致命破坏。二是湿地净化效果受进水水质及水量变化影响。三是非专业湿地管理人员的技术及素质直接影响湿地管理，间接影响湿地净化水质效果。四是湿地长期运行，积累的悬浮固体增多，影响水质净化效果。如何更有效地发挥湿地的净化作用？笔者有以下几点建议:
1.积极探索，引进技术。随着国家对环境保护要求越来越高，污染物排放标准逐步加严，湿地是污水处理系统不可缺少的处理单元，要积极引进创新型技术，因地制宜地管理湿地。
2.统筹考虑，预先调节。湿地处理工程在污水处理系统中既是庞大、复杂的工程，又是稳定、慢节奏的工程，进入湿地处理的污水量可小不可大，不能超过设计流量。湿地处理污水需要时间，必须按照设计停留时间进行规范操作，不可污水快进快出或慢进快出。
3.培养人才，加强管理。湿地管理工作是一项复杂的系统工程，涉及环保、水利、林业等行业，要求管理者知识面广。要引进知识型人才，经营好湿地工程。。
4.收割植物，清理杂物。湿地的净化处理功能是利用水生植物对污水中悬浮物及营养元素进行吸附、截留沉降，通过水体微生物和土壤微生物对有机质进行消化分解，再由植物体吸收净化，最终去除污染物。需要专人负责对水生植物果实、枯枝进行收割、清运，配备水上交通工具及打捞设备。
制定制度，注意防火。在秋冬季节，地表种植的湿生植物地表以上部分将枯死，而北方秋冬季节降水较少，要制定严格的防火制度。（中国环保联盟）
