鱼病的生态预防是“治本”，而积极、正确、科学地利用药物治疗鱼病则是“治标”。本着“标本兼治”的原则，对鱼病进行有效治疗，是降低或延缓鱼病蔓延、减少损失的必要措施。
（1）鱼病治疗的总体原则：随时检测、及早发现、科学诊断、正确用药、积极治疗、标本兼治是鱼病治疗的总体原则。
（2）鱼病治疗的具体原则： a.先水后鱼，“治病先治腮，治腮先治水”。对鱼类而言，腮比心脏更重要。各种腮病是引起鱼类死亡的最重要原因之一。腮不仅是氧气和二氧化碳进行气体交换的重要场所，也是钙、钾、钠等离子及氨、尿素交换排泄的场所。因此，必须尽快地治疗腮病，改善鱼类的呼吸代谢功能，以利于防病治病。而水环境中的氨、亚硝酸盐以及水体过酸或过碱的变化都直接影响腮组织，并影响呼吸和代谢，因此必须先控制生态环境，加速水体的代谢。 b.先外后内，先治理体外环境，包括水体与底质、体表。然后再进行体内即内脏疾病的治疗，也就是“先治表后治本”。 c.先虫后菌，寄生虫尤其是大型寄生虫对鱼类体表具有巨大的破坏能力，而伤口正是细菌入侵感染的途径，并由此产生各种并发症，所以防治病虫害就成为鱼病防治的第一步。
