1、耐药性反应：在水产养殖饲料中长期添加促生长抗菌素或生产中滥用药物会导致水生动物体内的细菌产生耐药性。耐药性产生使得生产上用药量越来越大，药效越来越差，既增加了成本，又增加了防治难度。耐药性的产生同时也对人类的公共卫生构成了威胁。
2、变态反应：水产养殖中使用磺胺类、四环素类是极易引起变态反应的品种。变态反应的症状多种多样，轻者表现为红症，严重者甚至发生危及生命的综合症，如磺胺类药物能引起人类的皮炎、白细胞减少、溶血性贫血和药热等疾病。
3、中毒反应：根据卫生研究及临床资料，人们食用被药物污染和残留的水产品后容易出现毒性反应。例如，链霉素等抗生素易损伤听神经及肾功能；四环素类抗生素易抑制幼儿牙齿发育和骨骼的生长；氯霉素能引起再生障碍性贫血和颗粒性细胞缺乏症；敌百虫在一定条件下会形成具有强毒性的敌敌畏。
4、“三致”作用：某些药物的残留极易对人类和动物产生致癌、致突变及致畸作用。孔雀石绿是一种强致癌物；呋喃类药物如呋喃西林、呋喃唑酮以及在饲料中添加的部分生长促进剂如乙烯雌酚类也具有较强的致癌作用。
5、其它：在渔用饲料中常含有一些激素类药物，这些药物在人体内蓄积后会使人的正常生理功能发生紊乱，更严重的是某些激素类药物会影响儿童的正常生长发育。另外，某些药物降解后易产生有害的分解产物，在水生动物体内产生残留后危害极大。
