微生态制剂可用于水中微生态调控，净化水质，能产生生态效应和生物效应，也可用于调整或维持鱼类肠道内微生态平衡，达到预防疾病，促进水产养殖动物健康生长的目的。新野县水产技术推广站不断深入到养渔户中，指导科学应用微生态制剂。
1、改善饲料品质，促进鱼类生长
在饲料中添加微生态制剂，通过鱼类的摄食，进入肠道内的微生态制剂形成优势菌群，产生各种酶类并提高动物体内消化酶的活性等，有助于养殖动物对饲料的消化和吸收，促进鱼类生长和发育。
2、改善机体微生态系统减少病害发生
微生态制剂中的菌是养殖水体的有益菌群，不危害养殖动物、微藻和其他生物，其作用是抑制病原菌。有的细菌产生抗生素和细菌素，可杀死病原菌，能够防止动物体内有毒物质的积累。有些益生菌，如乳酸杆菌、芽孢杆菌等可以阻止毒性胺和氨的合成，减少病害的发生。
3、增强动物机体免疫力，提高成活率
微生态制剂能起到机体免疫激活剂的作用，能刺激动物产生干扰素，提高 免疫球蛋白浓度和巨噬细胞的活性，通过非特异性免疫调节因子的激发机体免疫力的增强，增强疾病抵抗能力和提高存活率。
4、分解水底有机质，改善底质
微生态制剂中的光合细菌、硝化细菌、芽孢杆菌、枯草杆菌等能有效分解有机物，它们发挥氧化、氨化、亚硝化、硝化、硫化、固氮的作用，将动物的排泄物、残余饲料、动植物残骸等，分解为二氮化碳、硝酸盐、硫酸盐等无毒物质，鱼虾粪便不会变成淤泥而成散沙状，消除水体发黑、发白、发黄等现象，防止水体恶化。有机物分解后的盐类为单细胞藻类生长繁殖提供了营养，单细胞藻类的光合作用，又补充提高了水体的溶氧，净化了水质。
5、降解毒素，改善水体生态环境，净化水质
微生态制剂中的光合细菌、芽孢杆菌具有多种不同的生理功能，如固氮、固氧化硫化物等，能将嫌气细菌分解出的有毒物质如氨态氮、亚硝酸、二氧化碳及硫化氨等吸收利用，减少水体有毒污染，达到净化水质的目的.
