香菇的子实体在生长过程中常常出现“蜡烛菇”（有柄无盖）、“松果菇”、“荔枝菇”（菌盖结团无菌柄或不开伞），这些都是香菇的畸形变异，属于生理性病害。防治办法有以下几几点：
了解菌性，防止引种失误：栽培前必须先弄清菌种特性，因地制宜选用合适的品种，合理安排接种季节，推算好预定的接种时间。
了解菌丝的成熟特性，防止盲目脱袋：脱袋过早，菌丝未达到生理成熟，变异菇就多。菌丝生理成熟应掌握“一个菌龄、三条标准”。“一个菌龄”就是从接种之日起，经过60天左右；“三条标准”就是袋内瘤状突起的泡状菌丝占整个袋面的2／3，局部出现棕褐色，手握菌袋有松软弹性感。
把握转色规律，防止温度失控：转色期间要注意气温变化，开始的3天气温保持在25摄氏度以内，菇床上的覆膜不必揭开通风。在正常情况下，12天转色结束，3天后出现第一潮菇。
掌握变温原理，防止温差刺激不够：正确的变温方法：白天用薄膜罩住菇床，晚上12时以后揭开薄膜1个小时，使日夜温差在10摄氏度以上。
及时适量浸水，防止水湿过早过低：菌筒含水量低于40%时，出菇难、小菇多，一般在菌筒的重量比原来下降30%时进行浸水。
催菇方法要适当，防止偏干偏湿：每采完一潮菇后，必须揭膜通风6～7天，使菌丝吸收充足的氧气，以恢复生长能力，然后转入喷水保湿，干湿交替，催促下一潮菇蕾的发生。
适时采收，防止过熟：在菇盖有卷边、菇柄适中时采收，每天采菇一次。到春季产菇高峰期，有时每天需要采菇2次。
小心香菇发生畸形病
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