菌丝老化死菇
蘑菇的菌种繁殖代数过多，或菌种制作温度过高、保存不当、存期过长，均可造成菌丝退化衰老、生活力下降，体内养分积累不足而导致菇蕾萎缩死亡。对策：应选择优质菌种，及时淘汰被污染的菌种；创造适宜菌丝生长发育的条件，室内要清洁卫生、空气新鲜，严防高温培养；菌种尽量随备随用，不宜长时间保存。
持续高温死菇
在出菇前期，菇棚温度达到20摄氏度以上，致使菇床水分蒸发和菇体新陈代谢加快，水分及营养供应不上，再加上通气不良等，可致小菇蕾因缺乏营养和水分而枯萎死亡。对策：出菇期应密切注意天气的变化，根据气温调节棚温，加强通风换气，严防棚内出现高温现象。
通风不良死菇
菇棚内长期通风不良，蘑菇子实体发育的代谢热不能迅速排出，会造成氧气不足、二氧化碳浓度过大（大于0．1%），从而影响子实体的正常生长发育，致使部分幼菇死亡。若再遇高温，则死菇现象更为严重。对策：注意菇棚经常通风换气（一般每天2～3次），气温高时应在早晚或夜间进行通风。
喷水不当死菇
覆土层没有及时补水，出菇水或保菇水喷施过量，均可使菇蕾死亡。对策：在出菇阶段，当白色子实体有米粒大小时，喷水一定要轻、雾滴要细、水量要少，严防渗入料内；当子实体长到黄豆粒大小，可稍微加大喷水量和适当增加喷水次数。同时注意，避免喷施关门水，每次喷水后都应立即进行室内的空气循环，以降低过大的湿度。
酸碱度不适死菇
食用菌菌丝生长的适宜pH值为6～8。在出菇期间，若覆土和喷用水的pH值在5以下或9以上，都会造成菇蕾死亡。对策：配制培养料和覆土应按要求进行，喷水时应先测试培养料和覆土的酸碱度，然后根据测试的结果来合理确定喷用水的酸碱度，以防止过高或过低。
病虫为害死菇
蘑菇常见的病害有锈斑病、干腐病，虫害有红蜘蛛、粪蝇、瘿蚊等，均可引起死菇或降低品质；此外，防治病虫害时用药过量也会造成死菇对策：在生产上应坚持“以防为主、药剂为辅”的综合防治原则，防止病虫随培养料带进菇床，消灭覆土内的病虫源，彻底清除菇棚内的致病菌和害虫，创造适宜蘑菇生长的环境条件；病虫害发生后，要及时清除病菇、死菇，并采用药物进行防治，以免扩大蔓延。
采菇损伤死菇
第一、二潮出菇过密，在采菇时由于震动或机械损伤，也会使部分小菇死亡。对策：采摘蘑菇时动作要轻、细，以避免人为损伤。
死菇原因与对策
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