[拼音]：fenzi zajiao
[外文]：molecular hybridization
使单链DNA或 RNA分子与具有互补碱基的另一DNA或RNA 片断结合成双链的技术。即核酸分子间的杂交。相互杂交的两种核酸分子间有时并非完全一致，但必有一定的相关性。早在1961年有人创建了DNA与RNA间的分子杂交，但至70年代才发展成基因分析中一种重要的分析技术，可鉴定基因的特异性。例如可将具有一定已知顺序的某基因的 DNA片段，标上放射性核素，构成核酸探针，将它通过分子杂交与缺陷的基因结合，产生杂交信号，从而把缺陷的基因显示出来，借此可对许多遗传性疾病进行产前诊断。现又用核酸分子杂交技术诊断乙型肝炎，以及研究其他病毒性疾病和癌瘤的基因结构（癌基因）等。
核酸分子杂交的方法并不复杂。在杂交前先把待分析的DNA加热或加碱使之变性，分开成单链；然后加入放射性核素标记的核酸探针，降温退火，即获带有放射性核素标记的双链杂交分子。1979年又发展成转膜杂交，即将电泳分开的核酸片段，经过转移电泳转移到硝酸纤维素膜上，进行固相杂交反应，用放射自显影检出之。此即著名的萨瑟恩氏印迹法。
无庸置疑，分子杂交的基础是两个核酸分子间的完全一致，或有一定的相似性或相关性。若所用的核酸探针的片段较长(几百个核苷酸以上)，可以得到很准确的鉴定结果。但若人工合成的寡核苷酸探针片段较短（如20～30个核苷酸），则难免会出现准确性差的假阳性现象。现又有非放射性核素标记核酸探针，如以碱性磷酸酶标记的酶标核酸探针，以及以生物素标记的核酸探针等，这必将有助于推动分子杂交在临床医学中的广泛应用。