税务稽查权运行的特点是税务稽查工作的特点决定的。税务稽查工作处于税收征纳税双方利益矛盾的前沿。纳税人被税务机关查处的涉税违法行为是纳税人自觉履行涉税义务以外的事项，由此产生的征纳税之间的利益矛盾就显得更明确、直接、尖锐。这就决定了税务稽查权运行的第一个特点，即所处利益矛盾尖锐性，由于目前税务稽查工作方式是由几个税务干部独立完成，稽查结果与稽查干部的政治业务素质、勤政廉政状况、工作能力之间关系甚大又无法对这种关联度予以准确测定，这就产生了税务稽查权力运行过程的第二个特点，就是过程的可控性差。
当前税务稽查权运行另一个重要特点是执法风险大，这主要是税务稽查目前面临以下三个主要矛盾。
其一，规范执法的高要求与税收法制建设严重滞后的矛盾日益突出。依法治税、规范执法是开展税收工作的最基本原则。但我国税收法律建设显得很不适应，这种不适应至少表现在以下几个方面：一是现有一些税收政策规定与行政处罚法、行政复议法、行政诉讼法、刑法等法律缺少衔接。如行政处罚中“一事不再罚”的原则适用，行政处罚的追溯期的规定在税收执法实践中的应用等基本问题均缺少权威具体的解释。又如刑法与征管法的衔接也有问题。如对作为一般违法行为的偷税与偷税罪的区别也缺少权威解释。作为涉嫌偷税犯罪行为移送公安机关的标准，也可有多种解释。二是一些随着新税制的实施而临时出台的大量政策规定，由于当时出台的仓促，许多显得不够严密，或由于时过境迁而已不适用，造成基层在执法中阻力很大，各地执行到位情况也很不平衡，执行中又常常产生不同的解读，这就造成了在稽查执法权的运用过程中，基层执法者有了太大的自由裁量权和解释权，这种裁量和解释又大多缺乏权威性，多了随意性，所以不可预知的执法风险就很大。
其二，税务机关的严格执法与纳税人的涉税素质不相适应。我们在税务稽查中大量地遇到纳税人的“喊冤”。这里有几种原因，一是税收法制建设滞后，对许多税收法律法规条文，纳税人的理解和税务机关的事后解读不一致；二是税收宣传工作不跟上；三是广大纳税人的涉税素质较低。涉税素质高低主要决定于以下三方面，即依法纳税观念强弱、涉税法律法规知识的拥有程度、依法办理涉税事务所依赖的内部管理基础的好坏。由于纳税人涉税素质较低，大量的涉税违法行为产生，使税收执法面临“以法责众”的尴尬局面。我们应该看到纳税人涉税素质较低，有我国的社会历史原因。我国现处于社会主义初级阶段，社会主义市场经济体制尚在初步形成中，要求纳税人具有理想的涉税素质是不现实的。另外，也在当前政府管理之责，包括税制变革频繁、政府行为不规范、社会经济秩序相当程度上的无序。这就要求我们对当前的涉税违法行为历史地、现实地看，不能概念化。这种客观要求所包含的极浓的情感色彩与铁的法律之间无疑是冲突的。这也给基层执法带来困惑。
其三，涉税违法行为的普遍性与稽查打击的有限性矛盾日益突出。尽管我们把稽查放在征管模式的重点地位来构架，但面对如此众多的涉税违法行为，仍然是显得力不从心。这种力不从心，不仅表现在稽查力量、装备上的不对称，更表现在稽查在实现“打击功能”时来自行政的、社会的、甚至文化的掣肘。这种掣肘给基层执法者也带来的更高的执法风险。税务稽查权运行中的特点，一方面，突显了加强对其监控的必要性，无论是有利于执法公平、公正，还是减少执法风险，对稽查权运行过程中的监控都是必要的，还需要强调的是，由于执法风险大，对稽查权监控不仅仅是制约执法者，还更有保护执法者之意。另一方面，也要求我们按以下原则有针对性地构架对其的监控措施。
一是多重制约原则。对稽查权运行的监控，必须对其全过程从不同的角度在不同的环节和不同的方面实施多重监控，以实现对稽查权运行的可控。
二是机制化制约原则。稽查权运行过程中，权力点多、涉及面广，事后监督效果较差。因此，实施监控的重点要放在构建科学制衡的工作机制上，并且把各种有效的监督措施纳入稽查工作程序，使各种监督经常化、机制化。
三是制约与效率并重原则。在设计监控措施时，不能只重制约，不重效率，也不能为了效率而弱化制约。特别是要防止前一种倾向，避免有限的稽查打击力量在不恰当的制约中进一步弱化。
