（一）环境公益诉讼的配套法律制度有待完善
环境公益诉讼制度在我国已经有几年的发展，《民诉法》第55条规定，对污染环境、侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的行为，法律规定的机关和有关组织可以向人民法院提起诉讼。以上可以看出，公民环境诉讼在我国还不完善，对规定提起环境公益诉讼的主体规定也不明确，近几年来，我国社会各界对建立环境公益诉讼制度的呼声很高，一些民间的环保人士以实际行动提起环境公益诉讼，但就现实情况来说，还有更多问题是面临环境损害却无人提起诉讼，出现这种状况的原因就是在于我国未建立起完善的环境公益诉讼制度。
（二）举证难
现行的民事诉讼法中，环境侵权实行举证责任倒置原则，在环境公益诉讼中，该原则应当更加明确。我国在环境侵权民事诉讼中的举证责任分配方面仍需完善，《民法通则》《环境保护法》和《侵权责任法》都只规定了环境污染案件的举证责任分配原则，在环境诉讼中仍要采用“谁主张谁举证”原则，生态破坏可以说是比环境污染更加重要的侵权，因为很多生态破坏侵权行为的危害后果短期内并不明显。在这种情况下，可能出现同样的侵权行为有不同的审判结果，很难达到保护生态环境的目的。
（三）起诉人的诉讼费用问题
环境公益诉讼往时间长，案情复杂。诉讼费用承担及所获得利益分配直接影响诉讼的效率，高额的诉讼费用是公益诉讼原告要放弃的现实原因。所以，一定程度上，环境公益诉讼就会因诉讼费问题而无法启动。
（四）原告主体资格问题
在研究中，污染企业为环境公益民事诉讼的被告，成为检察机关、环保行政机关环保公益组织甚至公民个人等众多公权力主体和私权主体单独或联合起诉的对象，污染企业要履行不能提起反诉，承担更重的举证责任等不利的诉讼义务，在诉讼中污染企业处于明显的弱势地位。在由行政机关提起环境公益诉讼上，原告、被告之间的诉讼地位严重不平等，诉讼权利义务严重失衡，污染企业成了众矢之的。然而，在环境污染和生态破坏中，污染企业或个人是应负有责任，但若由行政机关提起环境公益诉讼则隐藏了政府应该承担的责任。
（五）诉讼时效的问题
根据我国诉讼法中对于诉讼时效问题的规定，侵权纠纷出现后必须在规定的时间内提起诉讼，否则将丧失胜诉权。但侵害环境的行为发生后，实际污染后果体现出来，通常需要较长时间，而《侵权责任法》中关于环境污染侵权提起诉讼的诉讼时效仅三年，等到被侵权人发现自己利益受损时，很可能早错过诉讼时效。而且，就公益诉讼本身而言，其出发点是为了保护国家利益、社会公共利益，不应当受到诉讼时效的限制。而这种实际需要与目前的法律规定是存在矛盾的。
