一、民事责任说
民事赔偿学说认为，登记机构承担的责任是一种民事责任，而非行政责任。登记行为是一种执行公务行为，因而因登记错误而给当事人造成损害的，登记机构应当向当事人承担民事赔偿责任。这也符合我国《民法通则》第一百二十一条的规定：“国家机构或者国家机构工作人员在执行职务中，侵犯公民、法人的合法权益造成损害的，应当承担民事责任。"此外，虽然登记机构行使职权进行登记是一种公法上的行为，但违法行使职权损害当事人的合法利益显然不是公法行为的目的。因此，瑕疵登记的赔偿责任在本质上应属于平等主体之间的民事赔偿责任。虽然行政机构为不动产登记的一方主体，但是不动产物权登记属于民事权利变动行为，本质上是一种私法行为，基于这种私法行为产生的赔偿责任，理应定位为民事责任。
此外，该学说同时认为国家赔偿责任在本质上仍是一种民事赔偿责任，只不过因侵权主体的特殊性而在法律中单独予以规定而已。且将不动产机构的瑕疵登记责任定位为一般的民事侵权责任，较之国家赔偿责任在诉讼程序、赔偿范围方面更有利于保障当事人的合法权益。所以，宜将不动产登记机构瑕疵登记责任定性为民事赔偿责任。
二、国家赔偿责任说
国家赔偿责任说认为，由于我国办理不动产登记事务的机构属于行政机构或经行政机构授权的事业单位，其以国家公信力为当事人提供不动产交易的安全保障。也就是说，把登记机构确定为国家机构，登记机构因登记错误应承担的责任就应该是国家赔偿责任。此外，梁慧星教授主持起草的《中国民法典草案学者建议稿——物权编》第250条明确规定：“因登记机构的过错，致不动产登记发生错误，且因该错误登记致当事人或者利害关系人遭受损害的，登记机构应依照国家赔偿法的相应规定承担赔偿责任。”还有学者从不动产登记的功能上进行了论证。认为不动产登记的作用是为了确保正确的不动产权利，建构正当的不动产交易秩序，此种功能明显属于公共利益的范畴。而且不动产登记也间接的为国家进行宏观调控、征收赋税等行政管理活动提供保障，这些都证明不动产登记行为是公法性质的行为，不动产登记机构瑕疵登记赔偿责任当然也应界定为国家赔偿责任。
三、责任性质不明说
该种主张认为不动产登记机构的性质还存在争议，有待于进一步明确，目前不宜规定登记机构的国家赔偿责任。
