疾病保险基金的资金来源各国不尽相同，大多数国家一般采用社会保险基金的传统筹措方法，由雇主和雇员按照一定限额以下的工资的固定比例，直接向各单独的保险机构缴纳保险费。有些国家规定政府也要负担一定比例。就强制疾病保险而言，就有两种模式：
(1)劳动者负担2／3，雇主负担1／3，政府不予补助。此模式为德国和奥地利所采用。
(2)劳动者和雇主平均负担，国家予以补助。现代各国多采用此种模式。
此外，许多国家立法中还规定，在特定条件下应增加雇主对疾病保险基金的负担。例如，对基于业务性质而发生保险事故之营业，可增加雇主的基金负担至2／3；对小额工资收入的被保险人，可增加雇主对其保险基金负担的数额；对于保险基金超过法定限度之部分，全归雇主负担；保险机构还可依据章程规定，增加雇主负担的数额。各国立法中还规定，雇主和劳动者所负担的保险基金均由雇主缴纳，但归劳动者负担的部分，可由雇主从工资中扣除。
在我国改革前，关于疾病保险基金，企业职工主要由企业负担，机关、团体、事业单位则由政府负担。改革后，按照国务院《关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》，用于医疗保险的基本医疗保险费由用人单位和职工双方共同负担。即基本医疗保险费由用人单位和职工共同缴纳，用人单位缴费率一般为职工工资总额的6％左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2％。随着经济的发展，用人单位和职工缴费率可作相应调整。《社会保险法》不仅认可了此内容，还继续规定了：首先，无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以由个人按照国家规定缴纳职工基本医疗保险费。其次，城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。再次，新型农村合作医疗制度在实践中亦是采用了个人缴费加上政府补贴的做法。
