医疗保险的管理是通过一定的管理模式实现的，这主要是指医疗保险行政与服务管理的组织制度，其内容包括各级医疗保险管理机构的主体、职责权限的划分及其相互间的关系。
(一)医疗保险行政管理
社会保险的行政管理主要包括以下几个方面的内容：
(1)医疗保险的立法；
(2)制定医疗保险的具体政策；
(3)研究制定医疗保险长远发展规划；
(4)督促检查医疗保险政策的落实情况；
(5)医疗保险组织机构的设置；
(6)医疗保险人员的配备与培训；
(7)对医疗保险法令、规章制度实施的监督和检查；
(8)受理社会保险方面的申诉，进行调解和行政性仲裁。
(二)医疗保险服务管理
医疗保险区别于其他社会保险的一个显著特点，就是保险经办机构不能直接向参保人提供保险服务，而必须借助于医疗机构提供医疗服务。由于双方存在利益上的冲突，医疗服务机构可能会出现损害医疗保险部门利益的行为。目前，医疗保险在全球范围内遇到了很严重的问题，即医疗资源严重匮乏，医疗费用居高不下，国家财政和企业不堪重负，医疗质量不高，影响了患者的需求。之所以出现这些问题，主要原因就是对医疗保险服务的管理不够。为此，各国纷纷采取措施，加强对医疗服务的管理。通过对医疗服务加强管理，可以有效地控制医疗保险费用支出，遏制医疗资源的浪费。医疗保险服务管理包括以下几方面的内容。
(1)定点医疗机构的管理。定点医疗机构审查和确定的原则是：方便参保人员就医并便于管理；兼顾专科与综合、中医与西医，注重发挥社区卫生服务机构的作用；促进医疗卫生资源的优化配置，提高医疗卫生资源的利用效率，合理控制医疗服务成本和提高医疗服务质量。劳动保障行政部门要组织卫生、物价等有关部门加强对定点医疗机构服务和管理情况的监督检查。对违反规定的定点医疗机构，劳动保障行政部门可视不同情况，责令其限期改正，或通报卫生行政部门给予批评，或取消定点资格。
(2)定点零售药店的管理。定点零售药店审查和确定的原则是：保证基本医疗保险用药的品种和质量；引入竞争机制，合理控制药品服务成本；方便参保人员就医后购药和便于管理。愿意承担城镇职工基本医疗保险定点服务的零售药店，应向统筹地区劳动保障行政部门提出申请，并提供规定的材料。劳动保障行政部门根据零售药店的申请及提供的各项材料，对零售药店的定点资格进行审查。统筹地区社会保险经办机构在获定点资格的零售药店范围内确定定点零售药店，统发定点零售药店标牌，并向社会公布，供参保人员选择购药。
(3)基本医疗保险用药目录的管理。基本医疗保险用药范围通过制定《基本医疗保险药品目录》(以下简称《药品目录》)进行管理。确定《药品目录》中药品品种时考虑临床治疗的基本需要，也要考虑地区问的经济差异和用药习惯，中西药并重。纳入《药品目录》的药品，应是临床必需、安全有效、价格合理、使用方便、市场能够保证供应的药品，并具备下列条件之一：《中华人民共和国药典》(现行版)收载的药品；符合国家药品监督管理部门颁发标准的药品；国家药品监督管理部门批准正式进口的药品。
