新制度经济学企业理论尽管学派林立，各有不同的观点，但是与新古典企业理论相对比，则有明显的进步和不同，其核心是，首先认识到作为原来模型中的外生变量的制度、契约和环境的存在，和对经济分析以及现实经济的重要影响；其次，就是把这些制度、契约和环境因素本身作为研究对象，从理论再认识这些因素，进而加以定性的分析、定量的考核。最后，就是把制度、契约和环境因素有外生变量纳入模型内部定量的进行分析。结果是开拓了企业理论分析的视野，扩展了企业理论研究的对象，更好的解释企业理论的难题。
第一，新制度经济学企业理论将产权制度和资源配置问题引入人们的视野。新古典经济学中市场存在资源配置失灵的问题，对此，新古典经济学家的解释是市场存在失灵的领域，需要用“看的手”加以调节，进而产生税收和补贴的政策，从而使外部效应内化。科斯对此提出了质疑，他认为这样做时需要付出巨大成本的，如果付出的成本不足以弥补得到的收益，整个社会的福利将会下降，社会将是不经济的。科斯认为外部性的关键问题是产权制度界定不清晰。进而提出了著名的科斯定理。德姆塞茨进一步认为：“产权是一种社会工具，其重要性就在于事实上他们帮助一个人形成他与其他人交易时的合理预期”。即产权在经济运行中的作用在于以其特有的经历特征诱导经济主体的行为。从而优化资源配置和提高经济效率。进而使新古典主流的企业理论的研究范围大大扩展，把产权制度的因素纳入后，使新古典的企业理论分析的范围更加广泛，同时指出，新古典企业理论极大化的不仅仅是利润，还应该有效率，所受的也不仅仅是预算约束，还应受产权等制度因素的约束和安排，进而推进了企业理论的发展。
第二，新制度经济学企业理论深入研究了交易费用和企业组织。新古典企业理论的一系列严格假设，最终求得最优的模型绝大部分是无法与现实结合的。科斯创造性地提出了交易费用理论之后，为这一研究打开了视野，威廉姆森提出了“契约人”的概念与新古典企业理论中的“经济人”相对应，“经济人”具有完全理性，而契约人则具有有限理性和机会主义倾向。进而威廉姆森提出，各种经济组织应运而生，就是因为他们具有节约交易成本的目的和效果。接着，威廉姆森用资产专用性、交易的不确定性和交易频率来刻画交易费用的存在。同时，以阿尔钦安和德姆塞茨提出的“队生产”理论为基础，深入到企业的组织内部进行研究，深入的考察了企业内的“委托-代理”以及运转机制的设计等。这又极大的扩展了企业理论研究的领域，使新古典企业理论的“黑箱”由静止、呆板变得生动起来，成为节约交易成本组织。同时，开拓了思路，认识到现代经理型企业普遍存在的委托代理关系使企业目标发生偏离，并且设计了相关的纠偏机制。
第三，新制度经济学企业理论分析信息不对称问题，以及相应的机制设计。新古典企业理论认为，存在完美的信息集，信息是完全对称的。即便后来随着奥地利学派的冲击，在经济学中引入了“不确定条件下的选择”的相关内容，但实质上是认为，只要愿意付出成本是可以实现信息完全对称的，本质上是将不确定性转化确定的概率事件。因此本质上并未走出信息完全可知的假设，并且是不考虑搜集成本的。而以阿克罗夫、斯蒂格利茨为代表的信息经济学家则把信息不对称作为既有的假设和存在，进而深入的分析了企业理论中的委托-代理问题。肯尼斯·阿罗（1985）在《代理权经济学》一文中将代理问题分为两类：隐藏信息和隐藏行动。进而产生道德风险和逆向选择的问题。他们基于信息不对称和契约理论建立相关计量和数学模型加以深入的分析，并且提出了激励和约束的相关安排。这就再一次超越新古典企业理论深入到内部分析企业存在的问题，进而提出了相关的机制设计。
第四，新制度经济学企业理论深入的分析和研究了企业制度发展的问题。新古典企业理论认为，企业是一个既有的实体，他们不知道企业的本质和为何存在，当然也就更无法解释企业如何发展和向何处去的问题。新制度学派的代表人物诺斯则从制度分析开始，回答了这一问题。诺斯指出所谓制度“提供了人类相互影响的框架，他们建立了构成一个社会，或者更确切的说一种经济秩序的合作和竞争关系”进而诺斯深入的分析了诱发企业制度变迁的四种因素即：规模经济、外部性、风险和交易费用，他们导致潜在的“外部利润形成”，而这些潜在的利润又无法在“企业制度”内实现，因此一种新的企业制度安排将产生，将这些外部利润转化为内部利润。同时，诺斯还深刻地指出，企业制度的变化和发展存在着规模报酬递增和路径依赖的现象。即企业有一种制度变化另一种制度时，存在利益不断增加和路径的自我强化现象。这也扩展了人们对企业“生长-衰亡”机制和机理的进一步认识。
