1952年5月，本镇域从四区划出建第十三区，设区址于溪口“荣裕大厦”，辖今全镇的30个村及潮州市桥东办事处的黄金塘、六亩、卧石、社光、涸溪等管区。
1953年，十三区分十三乡。
1955年5月，十三区改称磷溪区。同年，割出西马桥归意溪镇。
1956年2月撤区并乡，原磷溪区撤消，十三个乡并为四乡。同年，在四乡中先后成立了36个高级农业生产合作社（简称高级社）。其中，磷溪乡13个。
1956年12月，磷溪乡、西八乡合并称磷溪乡，福塘乡、旸坑乡合并称福塘乡。
1957年，划出涸溪归潮州镇。
1958年9月，磷溪乡、福塘乡合并成立磷溪人民公社。下属设置管区及营连排组织，后编为章福、塘边等33个大队。
1959年因建岗山水库，岗山村民迁居六亩大队。
1961年4月，磷溪公社以原二个乡分为磷溪、福塘二个公社。同时，部分大队按村分开自成大队。
1963年，磷溪、福塘二个公社又并为磷溪公社，辖原41个大队并为24个大队（此后又有部分大队分拆）。
1979年，割出黄金塘、六亩、卧石、社光四大队归潮州市桥东公社。
1983年7月撤消人民公社，恢复区建制，磷溪公社改称磷溪区，原30个大队分别改称为乡。同时，部分乡恢复传统名称。
1987年3月磷溪区改称为磷溪镇，辖区30个乡分别改为村。
1990年，塔后村从仙河村分拆出来，磷溪镇辖31个村。
