清代为蒙古族阿拉善王爷的莱食地，俗称王爷地。
1929年置县。
1960年改设巴彦高勒市。
1964年撤市复设蹬口县。
五十年代至七十年代初曾为巴彦淖尔盟行政公署所在地。
建制与县名
磴口县建制始于1926（民国十五年）。
1926年，冯玉祥国民革命军在五原誓师挺进西北，路经王爷地（当时磴口地区归阿拉善王爷管辖）时，看到沿黄河一带农牧发达、人口稠密，特别是到了当时的水陆码头磴口（今阿拉善左旗巴音木仁苏木）后，看到街井有序，商旅云集，盐业税收丰厚，遂决定在磴口设县，管辖上至乌海西下到四坝沿河一线，并将设县治理意图拟文上报当时武汉国民政府，委任了临时县长，于此磴口县正式建制。国民政府正式行文批复是1929年。
从1926年设县治到1931年，磴口地区虽有县治之名没有县治之实，地方控制权仍在阿拉善王爷手中。磴口县国民党县政府只有几个人，另设一个税局，人员不多，政府通过收一部分商贸税维持几十个人的薪俸。
1932年以后，即马鸿逵入主宁夏，为加强其统治，以利搜刮民脂民膏，才正式任命了县长，设置了村乡保甲机构。
1949年10月23日继绥远9.19起义后，宁夏宣布和平解放。国民党磴口县政府一班官吏觉大势已去，纷纷逃亡，有一些试图隐蔽得以东山再起，有的解甲归田，只留下几个人看门护院，结果土匪乘机劫掠，洗劫后放火烧毁县政府，所有财产档案化为灰烬，无一幸免。宁夏宣布和平解放的同时，中国共产党磴口县委在银川组建，经过暂短培训休整后，以县委书记杨力生，县长李尔直为首的县委一班人分批赴磴口接管磴口县工作。先期到达的人把磴口实际情况反映到县委后，经请示宁夏省委，决定将磴口县委设在三盛公（今巴彦高勒旧城区），磴口县于此而沿用下来。
地区历史归属
有文字记载的归属可追溯到春秋战国。春秋末战国初，赵国“胡服骑射”迅速强大，不断北扩边境，长城修到高阙塞，磴口地区为赵属地。秦灭六国，北击匈奴，夺取了整个河套地区，置九原郡，磴口隶属九原郡。秦末战争直到汉武帝数百年间，磴口复为匈奴牧地。汉武帝时代，西汉国力强盛，兴兵大规模征讨匈奴，到公元二世纪初基本控制了包括河套在内的大片领土，并在河套沿河设县34个。今境内有古城遗址三处，据历史学家考证为西汉三封县古城（120年置），临戎县（124年置）和窳浑县古城（127年置）。临戎古城曾为朔方郡治所，窳浑曾为西部都治所。汉末到隋先后隶属于前赵、后赵、前秦、后秦、北魏。隋初到唐隶属于九原郡。宋、辽、金、夏时为西夏属地。元灭西夏，磴口地区属宁夏。清初，地属阿拉善额鲁特旗管辖。
民国十五年（1926年）磴口设立县制隶属宁夏省。
1954年随蒙古自治州划入甘肃省，1956年划归内蒙古自治区，属巴彦淖尔盟，2003年隶属巴彦淖尔市。
2000年，磴口县辖4个镇、4个乡、3个苏木。根据第五次人口普查数据：全县总人口117561人，其中各乡镇苏木人口（人）： 巴彦高勒镇 44124、补隆淖镇 4557、协成镇 4605、隆盛合镇 7935、粮台乡 8348、坝楞乡 3044、渡口乡 11268、公地乡 4679、沙金套海苏木 2830、哈腾套海苏木 3662、小官井苏木 3321、乌兰布和农场虚拟乡 4133、巴彦套海农场虚拟乡 2345、哈腾套海农场虚拟乡 4437、包尔盖农场虚拟乡 3605、纳林套海农场虚拟乡 2893、沙漠林业实验中心虚拟乡 1775。
