因境内巍山屏而得镇名。
唐代，巍山屏建有庵堂和玉皇庙，庵北并建望阙祝圣坛，名万岁邱，其山因称万岁山，故其地称万岁乡，后改为万年乡。
宋宣和二年(1120)，更名永寿乡，沿袭至
。
清宣统二年(1910)，永宁、永寿两乡合为宁寿镇。
民国18年(1929)，实行区自治，为第三区。
民国24年(1935)，以都建乡，分属十三、十五、十九、二十、二十二都。
民国30年(1941)，属巍山区。
1950年属巍山、象岗两区，1956年撤象岗区，所辖乡划归巍山区。
1952～1958年巍山镇为县直属镇，1958年建东阳首个公社——巍山公社(区级)。
1961年，分建巍山镇、巍屏、古光、象岗、胡村5个公社。
1981年，巍山镇恢复县属镇建制。
1982～1983年政社分设，设巍山镇和巍屏、古光、象岗、胡村4 乡，属巍山区。
1983年，村村通电话；白坦村自筹资金首创狮山农民公园，
1988年1月撤区，设巍山镇及古光、象岗、胡村3个办事处，6月增设巍屏办事处。
1990年2月，4个办事处恢复乡建制，由巍山镇代管
1991年，开通有线电视。
1992年，建东阳首家乡村全室内市场。
1992年5月，撤销4乡并入巍山镇。
1994年，平安砖厂被评为全国明星企业。
1994年5月，巍山镇人民政府下设中心、古光、白坦、象岗、胡村5个办事处。
1995年，新邮电大楼落成。
1996年，整顿交通、客运市场，全镇67个行政村通汽车；投资100万元建成巍山大桥；投资546万元建成镇政府办公大楼。投资3.5万元建镇敬老院，接纳孤寡老人9人，配专职人员2人；被评为创建全国体育先进县市先进镇；高标准普及九年制义务教育示范学校先进镇。
1989～1996年，城镇建设总投资3561万元。
1997年，建成110千伏供变电所；光缆电视联网，可收视电视节目23个；7月1日，殡葬改革推行火化，火化率100%；同年，远大建筑公司上海工区承建沪湾区新业中学办公楼工程获白玉兰优质工程奖；
被评为造地先进乡镇。
1998年，镇财政总收入突破千万元；通过金华市教育强镇验收；加大社会综治力度，签订综治目标责任书，创平安村居率为80%以上。
2000年被命名为浙江省教育强镇。
2003年成为浙江省中心镇
2003年10月初，合并原怀鲁镇，建立新的巍山镇
2005年国地税收入达5200万元，是浙江省卫生镇
2006年首次跻身全国千强镇，位列第971位
2007年9月巍山镇荣膺“中国活力乡镇”称号
