明朝正德9年，沙沟出了个进士，姓万名云鹏。据《盐城县志》记载：“万云鹏，正德时人，守湖州，副湖广，按察浙江，布政福建。既归里，闭门著书，风节骄然，人谓：布政凛凛，若天山之雪。”由于他一生为官清正，洁白无遐，受到了故乡人民的尊敬和爱戴。他死后，为了纪念他便将沙溪镇改为石梁镇了。
到了明末清初，因为石梁是明朝的官员，用他的名字做地名显然是不能容忍的。所以清朝地方政府根据镇子沟河纵横的特点，将石梁镇改为沙沟镇了。
沙沟镇从清朝开始一直设有巡检司，负责周边地区的治安维护。
民国出版的《盐城县志》还载有民国8年，沙沟建市之说。
1945年春节后，沙沟第一次解放，同年3月9日，沙沟建市，隶属于苏中行政公署。
1946年7月，苏中二地委改沙沟为县。后沙沟撤县划归宝应，1947年又划归高邮县。
1949年5月沙沟正式划归兴化管辖。
