13世纪至14世纪，蒙古鞑靼人和匈牙利人入侵，达契亚人逐渐分为三支：摩尔多瓦人、瓦拉几亚人、特兰西瓦尼亚人。古代的摩尔多瓦的国名为达契亚－图拉真国，它后来又形成了罗马尼亚、摩尔多瓦和特兰西瓦尼亚三国。
1359年波格丹一世创立了独立的封建公国。
1487年后沦为奥斯曼帝国附庸。
1600年至1601年，摩尔多瓦、瓦拉几亚和特兰西瓦尼亚三个公国曾短暂统一。
1812年俄国将摩领土（比萨拉比亚）划入其版图。
1859年1月摩尔多瓦和瓦拉几亚合并，称罗马尼亚。
1878年，比萨拉比亚再次隶属俄罗斯。
1918年1月摩宣布独立，3月与罗马尼亚合并。
1940年6月，苏联将比萨拉比亚再次划入其版图，并将比萨拉比亚大部分领土与德涅斯特河左岸的摩尔达维亚自治共和国合并，成立摩尔达维亚苏维埃社会主义共和国，成为苏联15个加盟共和国之一，比萨拉比亚南、北部的部分地区被划入乌克兰。
1941年德国入侵苏联，罗马尼亚为德国盟友。德国将比萨拉比亚划归罗马尼亚。
1944年9月，苏罗停战协定规定恢复1940年的苏罗边界。
1990年6月改称为“摩尔多瓦苏维埃社会主义共和国”。
1991年5月23日改称为“摩尔多瓦共和国”。
1991年8月27日摩尔多瓦共和国宣布独立。
1994年3月，公民投票以压倒性的票数支持维持独立国家的地位，反对与罗马尼亚再统一。
2009年7月，摩尔多瓦把融入欧洲作为重中之重，国家政治、外交、经济、文化等各领域都围绕这个目标推进。
2013年11月，摩尔多瓦与欧盟草签了包含深度广泛自由贸易协定在内的联系国协定。
2014年6月正式签署联系国协定。
