民和建县前为碾伯县辖巴州堡，建县后设巴州、联合等乡。
1958年，巴州、东沟、西沟、联合等乡合并成立巴州公社。
1961年一分为四，今辖境分属巴州公社、联合公社。
1984年改巴州乡、联合乡。
1996年，巴州乡面积57.7平方千米，人口1.3万人，其中回族占53.3%，辖巴州一、巴州二、祁家、上马家、下马家、万泉堡、洒力池、凉尔湾、麻家湾、羊羔滩、老官坪、巴州垣12个行政村；联合乡面积69.5平方千米，人口0.8万人，其中回族占54.2%，辖黄池、大焦土、杨家湾、马家沟、阳山、上宣、下宣、胡家、祁家岭9个行政村。
2001年，撤销巴州乡，设立巴州镇。2001年末，巴州镇驻巴州，辖巴州一、巴州二、祁家、上马家、下马家、万泉堡、洒力池、凉尔湾、麻家湾、羊羔滩、老官坪、巴州垣12个行政村；联合乡驻黄池，辖黄池、杨家湾、马家沟、上宣、下宣、胡家、祁家岭、阳山、大焦土9个行政村。
2006年8月，撤销联合乡，并入巴州镇。
