巴拿马地峡原为奇布查、加勒比等印第安人部
落聚居地。
1830年，大哥伦比亚共和国解体后，成为新格拉纳达（后称哥伦比亚）共和国的一个省。
1903年，美在击败英、法后与哥伦比亚政府签定由美修建和租借运河的条约，哥伦比亚议会拒绝批准。
1903年11月3日，美军在巴拿马登陆，策动巴拿马脱离哥伦比亚独立，成立巴拿马共和国。同年11月18日，美国取得修建和经营运河的永久垄断权和运河区的永久使用、占领和控制权。并在巴拿马中部的蜂腰地区开凿一条运河，于是，运河区在巴拿马地区成为“国中之国”。
第二次世界大战期间，美国在巴拿马强租134处军事基地，1947年
后陆续归还一部分。
1977年9月，巴美签署《巴拿马运河条约》（又称托里霍斯－卡特条约）。
1989年5月，巴拿马大选，执政党和在野党均宣称获胜，因而选举结果无效。经美洲国家组织斡旋，8月31日罗德里格斯出任临时总统。12月15日反对美国占领的诺列加被任命为政府首脑，20日美军入侵巴拿马，21日受美国庇护的原反对派总统候选人恩达拉在美军基地宣誓就任总统。
1990年1月，诺列加向美军投降，随后被押往美国受审。
1994年10月4日，巴议会通过宪法修改草案，规定取消军队，建立一支警察部队。
1999年12月31日，巴拿马收回运河主权。
2015年10月28日，当选联合国人权理事会成员，任期自2016年至2018年。
