白塔自建成以后进行过多次修缮，清康熙十八年(1679年)夏历七月二十八日，北京发生地震，白塔被震毁。《清史编年》中记载：“七月二十八，巳时至酉时，京师大地震，声如雷，白昼晦暝，势如涛，顺德、德胜、海迨、彰义等城门被震倒，城墙塌毁甚多，宫殿、官廨、民居十倒七八。二十九、三十日又大震，通州、良乡等城墙
俱陷，裂地成渠，流出黄黑水及黑气。”这次地震两年后，重修白塔，康熙二十一年(1681年)重修完成，并在琼华岛的东南山腰处立碑纪念。
雍正八年(1730年)夏历八月二十九日，北京地震，北海白塔再次损坏。史料记载：“派监修随查塔身，塔座彻
底内裂，必须全行拆重修。”雍正十年(1732年)才告完成。
1976年唐山地震波及北京，塔顶被损。宝瓶向西歪倒在天盘之中。据说白塔上“十三天”下的石座也被压碎了，导致“十三天”歪斜。在修复时，发现塔内主心木中藏有一个二寸见方的金漆盒子，盒盖绘有太极图，盒内藏有两舍利。
