春秋战国时，清远地区属百粤。秦统一中国后，设置行政机构，开发岭南，清远地区属南海郡、长沙郡。汉初，属赵佗称号的南越国。高祖年间（前206—195年）先后置桂阳县（今连州一带）、阳
山县、浈阳县和含匡县（浈、含今为英德市境），均属桂阳郡。元鼎六年（前111年），置中宿县（原清远县一带），属南海郡。
三国时，各县隶属始兴郡。
南朝梁天监年间（502—519）置清远郡，清远之名由此而始，辖中宿、威正、平、恩洽、浮护五县。还置阳山郡，辖阳山、桂阳、广德（后改称广泽、连山）等县。在含匡设衡州，领阳山郡。隋开皇十年（590年），废清远郡及其所属的中宿等县，置清远县、政宾县（今清新县滨江一带），仍属于南海郡。同时，废阳山郡改置连州，把衡州改名为匡州。二十年（600年），废匡州，其属县改隶广州府。
唐武德六年（623年），政宾县并入清远县，属广州府。天宝元年（742年），连州改置连山郡。
五代南汉乾亨五年（921年），于浈阳县设英州。
宋宣和二年（1120年），英州改置真阳郡，含匡、浈阳先后改名为含光县、真阳县。庆元元年（1195年），真阳郡升为英德府。
元至元十五年（1278年），英德府改为英德路总管府，不久又降为州，并含光、真阳县。
明洪武二年（1369年），英德州改置英德县，属韶州府。十四年，连州和阳山、连山二县改属广州府。
清雍正五年（1727年），连州为广东省直隶州，领阳山、连山二县。嘉庆十八年（1813年），由清远、英德两县划地设广东布政司佛冈军民厅（相当于县级建制）。
民国元年（1912年）连州改称连县。
民国3年，佛冈改厅为县。抗日战争期间，广东省政府北迁连县，清远各县均属广东省第二行政督察区（驻连县）管辖。
民国35年，由连山、连县、阳山三县划地，新置连南县。
中华人民共和国成立后，除佛冈县曾先后归属韶关、广州、佛山管辖外，各县先后由北江行署、韶关专署、韶关行署管辖。
1953年，连南与连山合并为连南瑶族自治区（后改为自治县）。
1958年，连县、连南、连山、阳山四县合并，称连阳各族自治县。同年，佛冈、从化两县合并，称从化县。
1960年
恢复阳山县。
1961年恢复佛冈县，属广州市辖。
1961年，恢复连县、连南瑶族自治县。
1962年，成立连山壮族瑶族县。
1963年，佛冈县由广州市划为韶关地区管辖。
1983年7月，韶关地市合并，将清远、佛冈两县划归为广州市，其余各县属韶关市管辖。
1988年1月7日，国务院批准撤销清远县，设立清远市，原清远县分为清城、清郊两个市辖区（1992年清郊区改为清新县），并划广州市市属的佛冈县和韶关市属的连县、阳山县、连山壮族瑶族自治县、连南瑶族自治县、英德县为清远市所属（英德、连县1994年改为县级市）。
2009年，原清新县飞来峡镇正式划归清城区管辖，其中飞来峡镇全镇面积为408平方千米，由原来的高田、江口、升平三镇合并而成，新的镇政府驻原升平。
2012年12月9日，国务院批复同意广东省调整清远市部分行政区划，正式批准撤销清新县，设立清远市清新区，以原清新县的行政区域为清新区的行政区域。
2013年1月16日，清新区正式设立。
