汉代的时候，今天的漷县镇称霍村。辽太平年间（1021年至1031年）在此设县，其县治即设在霍村。因地处漷水之南，古代山北水南为阴，故称漷阴县，而霍村也易名为漷阴镇。元至元十三年（1276年）元朝政府又将漷阴县升为漷州。但到了明朝初期。由于战争频繁。漷州的居民大量减少，于是在洪武五年（1372年）明朝政府将州降为县，漷州一名为漷县，县治仍设在漷阴镇。清顺治十六年（1659年），此时因屡遭水患，区域越来越少，被清政府撤销县治，将漷县并入通州直接管理，从此漷县作为县级行政区划便在历史上消失了。但漷阴镇因曾是漷县县治而变成一个较大的村落，即以县称为村称，漷阴镇一名随之消失，易名为漷县村至今。
宋辽至清代曾先后在此置州县衙署，为当时北京东南第一邑，1949年建马头区，1956年分置马头乡和漷县乡，1958年改马头公社，1980年改漷县公社，1983年改漷县乡，1990年建镇。原觅子店乡1958年设乡，1958年改公社，1983年改乡。原草厂乡1973年建草厂公社，1983年改乡。
1996年，漷县镇面积43平方千米，人口2.5万人，辖癊县、马头、马家务、翟各庄、石槽、毛庄、东黄垡、西黄垡、大香仪、小香仪、沈庄、后地、三黄庄、杨堤、马堤、榆林庄、长凌营、苏庄、中庄、王楼、郭庄、吴营、靛庄、南阳、许各庄、高庄26个行政村；觅子店乡面积42平方千米，人口2.4万人，辖小屯、曹庄、纪各庄、侯黄庄、张庄、马庄、东寺庄、凌庄、前尖平、后尖平、大柳树、徐官屯、东定安、西定安、单屯、杨庄、李辛庄、龙庄、尚午集、觅子店、南屯、木坟、单庄、长务、边怀庄、罗庄、前元庄、后元庄28个行政村；草厂乡面积20.7平方千米，人口0.9万人，辖南丁庄、东鲁、西鲁、草厂、周启营、北堤寺、黄厂铺7个行政村。
2000年，撤销草厂乡，并入漷县镇；撤销觅子店乡，设立觅子店镇。2001年末，撤销觅子店镇，并入漷县镇。2002年末，镇政府驻漷县村，面积111.79平方千米，人口5.71万人，辖马头、马堤、三黄庄、石槽、毛庄、高庄、沈庄、后地、小香仪、大香仪、东黄垡、西黄垡、漷县、杨堤、长凌营、苏庄、榆林庄、马务、翟各庄、许各庄、南阳、靛庄、吴营、王楼、郭庄、中辛庄、南丁庄、东鲁、西鲁、草厂、周起营、北堤寺、黄厂铺、小屯、曹庄、候黄庄、东寺庄、龙庄、李辛庄、尚武集、觅子店、南屯、军庄、梁家务、罗庄、前元化、后元化、凌庄、前尖平、后尖平、大柳树、徐官屯、东定安、西定安、军屯、柏庄、穆家坟、边槐庄、纪各庄、马庄、张庄61个行政村。
