船舶生活污水处理的难点所在，除了上述所探讨的船舶生活污水的水量及水质特性外，船舶本身的环境特点也应关注。经实船试验研究，影响船舶生活污水处理装置的环境因素概括如下：
(1)空间和位置。船舶生活污水处理装置的安装位置通常设计为便于进行厕所排水的收集，因此受厕所分布和排水系统布设以及舱容的影响，其位置相对固定，有时受到空间限制需要设置两套处理装置。空间问题在游艇和军舰上尤为突出。
由于主甲板下舱室的空问尤其是高度受到较大限制，通常船舶生活污水处理装置的设计高度均<2m，因此就限制了装置结构和相关设计参数的选用。而反应器有效高度过低(水深浅)限制了氧的传递效率(<2%)，将影响生物降解的效率。同时反应器的容积限制使得除渣、布水、布气及集水系统的布设受限而难以发挥应有功能，出现堵塞、短路等而影响处理效果。
在理想的情况下，处理装置应该位于船舶的底部和舯部附近。不适当的位置会影响横倾和纵倾，或者减低重心高度，尤其是游艇上，由于受污水不定容积和自由液面效应的影响而导致船体稳定性减小。
(2)船舶类型和航线。不同类型的船舶(货轮、客班船及游轮等)所排放的船舶生活污水水质、水量区别较大，这与在船人员素质、人数以及冲洗机制的不同密切相关。因此，应针对不同船型考虑预处理设施(如除渣器)并进行水质、水量的调节，而不能任意搬用相同的处理装置。
航线涉及到船舶航行所经水域，不同水域的水环境质量不同，要求排入的船舶生活污水水质也不同，因此应选用不同类型的处理装置。另外不同航线的船舶停泊时生活污水排放低负荷甚至零负荷情况及时间长短也有较大差异，如何使得处理装置在此期间不受影响也是一个值得关注的问题。
(3)运动效应。船舶航行过程中由于运动所产生的动力效应，会对一些传统的陆上污水处理装置产生影响。如运动破坏了沉淀分离及布水和集水系统所要求的静止状态，影响处理效果及出水水质；冲击和振动负荷能对系统产生不良影响，并会使处理过程发生问题和机械故障；摇晃和倾斜会对曝气系统及自控装置产生影响，出现曝气不均匀及装置误报警和异常操作问题。
(4)舱室空气温度。舱室的温度通常为4-60℃，对于采用生物处理工艺的装置可能在夏季产生不利影响。如果采用的配套设备(如鼓风机)管路设计和运行不当，会使处理装置内液体温度升高至35℃以上，从而抑制微生物的生理活动。
