与传统的絮凝剂铝盐和铁盐相比，微生物絮凝剂不仅具有絮凝剂的特性，而且可生物降解，无二次污染，因此近年来受到国内研究者的广泛关注。由于其培养基的成本过高，限制了微生物絮凝剂的大规模生产。含高浓度有机物酱油酿造废水作为廉价培养基，既可以完全利用废水中丰富的营养物作为产生微生物絮凝剂的碳源，又可以降低水中的污染物，特别是COD的含量，达到双重功效。
刘晖等以青霉菌HHE-P7为研究对象，研究筛选了多种工业废水，发现酱油废水中，因其COD含量高，碳源丰富，可作微生物絮凝剂MBF7的廉价培养基。培养基的配方为COD20000mg/L左右，K2HPO4为110g/L。王曙光等的试验也发现:土壤杆菌(Agrobacteriumsp.)LG5-1能够利用酱油酿造废水作为替代培养基生产微生物絮凝剂。并得出以酱油酿造废水为培养基生产微生物絮凝剂GIL-1的最佳条件:100ml酱油酿造废水中加入2ml乙醇(75%)作为补充碳源，不需添加氮源，调节pH值至810左右，培养时间约为48h。获得的絮凝剂GIL-1具有较高的絮凝率和较好的稳定性能，低温储存200d，絮凝率仍可达7613%。
从酱油洗涤滤布水中回收氨基酸
日本酱油酿造工业采用反渗透膜或荷电膜从清洗压榨酱油滤布的废水中可得到含氨基酸的浓缩液。反渗透膜采用NTR-1597-Pl8A，膜面积12.8m2，操作压力40kg/cm2，可得到浓缩2～6倍的氨基酸，可作酵母培养基。还可在膜外表面及细孔表面导入具四级或三级氨基交联构造的各种荷电膜，可选择分离回收清洗酱油滤布液中的氨基酸。
酱油渣的综合回收利用
我国酱油渣产量很大，由于其富含家畜及微生物生长所需的营养，经发酵后可制成微生物培养基、蛋白饲料，或直接作为饲料用于猪、鱼类的养殖。此外，酱油渣也可应用于制曲等工艺。但我国目前对酱油渣的开发利用还进行得不多。随着竞争的加剧以及环保意识的加强，从酱油渣中提取油脂、膳食纤维、磷脂、黄酮等将引起人们更多的关注。
提取油脂
生产酱油后剩余的渣中含有30.9%～36.5%的油脂(干基计)。钟振声等的分析结果显示，浸出法能从酱油渣中提取到油脂。压榨浸出法的提油率为3314%，直接浸出法为2611%，压榨浸出法提取的油脂其过氧化值比直接浸出法高26%。另外，从酱油渣中回收的油脂已发生酸败，不宜作为食用油，只适用于生产生物柴油或生产脂肪酸等化工产品。
提取抗氧化性物质
江崎秀男过对各种大豆发酵食品的抗氧化性进行研究，发现豆酱中具有很强抗氧化能力的成分是o-二羟基异黄酮(ODD)，其产生在接种和制曲过程中。人体内产生的活性氧自由基和自动氧化物质引起疾病、致癌和老化现象。利用食物中的抗氧化物质抑制氧化引起的不良反应，例如在食物中添加抗氧化物质，采用生物工程提高食物中抗氧化成分的含量等，有助于预防疾病。近年来发现酱油渣中含有的成分具有较强的生理活性，研究人员试图将其提取出来用于保健食品、化妆品以及医药等。
展望
酱油废水具有色度高、盐度高、有机物浓度高的特点，属较难处理的工业废水。但其可生化性较好，目前广泛采用的生化处理方法能达到较好效果。同时，由于其特殊的色度及盐度特点，在生物处理之外宜进行一定的前处理或后处理。此外，酱油酿造工业的清洁生产、废水回收治理己受到越来越多的关注。相信随着科学技术的不断进步，酱油酿造工艺及其废水的处理工艺将逐渐完善，投资运行费用低、操作简单、效果稳定的新技术将给酱油酿造工业带来新的希望。
