在处理方法的选择上，应针对不同性质的含硫废水，采用不同的处理工艺，工程中常常将不同的处理工艺联合使用。表1对几种常用及处于研究阶段的含硫废水处理方法进行了比较总结。
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采用物理化学方法处理含硫废水时，需要添加化学药品和催化剂，在处理过程中需要通空气(或氧气)加热，并需要分离处理等，因而能耗一般较大。投加化学药品也会引起二次污染，并可能存在设备腐蚀等问题，且处理后的气体、液体或沉淀物等末端产物还需再处理，成本较高。但一些新兴的物化处理方法，如WAO法和SCWO法，处理效率高，处理彻底，日益受到人们重视。生化方法(以生物处理为主)与传统物化处理方法相比，前期投资较大，但后期运行管理费用一般不高，或者由于可以得到单质硫产品而降低成本。另外，由于一般不必添加有毒化学药品或催化剂，处理过程在常温常压下进行，无论对工艺的要求还是对设备的要求都比物化处理低。在工程实际中，各种处理方法均有其局限性，建设投资费用及运行费用由工程使用要求决定。选用何种处理方法取决于工程实际情况、已有处理设施以及当地的环境排放标准等。在实际含硫废水处理中往往多种方法联合使用，以达到所需要的处理要求。
