鱼菜共生并不是简单的鱼与植物间的共生，在嫁接鱼与植物之间需要一种最为重要的结合体，那就是微生物。在自然生态系统中，微生物是有机物的终极分解者，只有通过微生物的分解转化才能让物质与能量参与到下一生态链的循环。在鱼与植物间，鱼的排泄物要让植物吸收，必须先在微生物的作用下进行分解，把这些大分子有机物质分解为矿化的简单元素或小分子特质，才能被植物的根系通过离子交换的方式吸收利用。这个看不到的微生物是功劳最大的结合体，没有它共生的生态关系就难以形成。
水体中的微生物分为有益的与无益的，大多好氧的微生物对鱼及植物的生长是有益的，而且同样有较高的分解转化能力，而较多厌氧的微生物虽然也能分解转化，但它的效率较低，而且中间产物形成物质较多，对水质污染危害较大，对鱼的生长会造成不良的影响。所以培殖有益微生物的生态种群来抑制有害微生物，让水体与系统生态在有益微生物占主体的环境下运用，对植物与鱼来说都是一种很好的生态促进。
微生物种类很多，相互间也有一种共生共赖与相互抑制的关系存在，在鱼菜共生系中，最为常见的有益共生微生物有以下几种：硝化菌、光合菌、酵母菌、乳酸菌及线状菌等，它们之间的共生可以保持相对较长的平衡与稳定状态，也就是光合菌产生的物质与能量可以成为其它菌的生存条件与原料，在环境有机物较少的情况下通过光合菌的光合固定来完成初始生存能量的提高，让它们在一个相对缺乏营养源的环境下保持较长的稳定平衡关系，相互间能共生共营较长时间，这也就是微生态间物种平衡关系对生态建立的重要性体现。这样的微生物组合可以在自然界或生产上保持较长时间的强势生态群落，从而对有害微生物产生抑制，让接种该微生物菌落的环境能保持较好较长时间的良性状态，这对环境治理来说也具有极广阔的运用前景。
在鱼菜共生中，鱼吃、喝、排泄、生活、休息都是在水体中进行的，如何管理水体的水质以便适合它的生长、生存、健壮就成了重要的问题。鱼的排泄物，所有有机物的排泄物，甚至其尸体，在异养性细菌的作用下，其中的蛋白质及核酸会慢慢分解，产生大量氨等含氮有害物质。氨在亚硝化菌或光合细菌作用下转化成亚硝酸，亚硝酸与一些金属离子结合以后可以形成亚硝酸盐，而亚硝酸盐又可以和胺类物质结合，形成具有强烈致癌作用的亚硝胺。因此，亚硝酸盐常与恶名昭彰的氨相提并论。由于亚硝酸盐长期蓄积中毒，会使鱼抗病力降低，易招致各种病原菌的侵袭，故常被视为是鱼的致病根源。
水产养殖改底中运用最广的是光合细菌。大型养殖水体中，鱼塘的塘底由于有机物的大量堆积分解造成一个低氧区，存在各种有害的硫化物等物质，而这个低氧区是有可见光的，正适合光合细菌的生长。因此在鱼塘中投放光合细菌，有利于改善塘底的水质，减少有害物质的堆积。
问题就是这个光照+低氧的环境，园艺式鱼菜共生的水体中很难存在。水中最有可能的低氧区，就是厚厚的底砂底部，但这里又缺少光照，光合细菌无法进行光合作用。因此，这里是不适合光合细菌生存的，使用硝化细菌更合理。
当亚硝酸在硝化菌的硝化作用下转变成硝酸后，很容易形成硝酸盐，从而成为可以被植物吸收利用的营养物质。所以说，硝化细菌与养殖环境的关系十分密切。如果没有硝化细菌的存在，必然会面临氨含量激增的危险，不论采用何种方法或任何水族用品都不能彻底解决这个问题。当水中的氨浓度达到鱼的致命浓度时，结果就是死亡。但如果水中含有足够数量的硝化细菌不断地解除水中的氨，就能确保整个生态平衡系统的稳定性，并使鱼安全地生活于水体中。
