硝化细菌是好氧菌，特别是工作的时候需要消耗大量的氧气，所以我们建议过滤系统要24小时不间断开着，以提供充足的氧气供硝化系统工作。硝化细菌不产生孢子，在很低氧的环境中也能存活，对氧气的需求量远远低于异营细菌，即使关掉过滤一般也没事。特别是开放式过滤系统，如滴流过滤、溢流过滤等，由于与空气有接触，即使停掉过滤，硝化菌仍然能够正常生长。但对于封闭式过滤系统就危险得多，如滤桶，如果停止工作，由于与空气不接触，内部的氧气会因为好氧异营细菌的大量繁殖而耗尽，而需氧量大的异营细菌首先死亡，水质恶化，由于硝化系统几近休眠，毒素的积累最终也会导致硝化细菌大量死亡。因此，滤桶如果停止时间过长，会对内部的硝化系统造成巨大影响。
此外，过滤系统一定要稳定运行。一些人为了省电或者不喜欢过滤的噪音，喜欢晚上把过滤关掉，早上再打开，这样做是错误的。白天由于过滤的循环，水中溶氧量较高，异营菌、硝化菌均大量繁殖，晚上停掉过滤，溶氧量降低，需氧量高的异营菌会大量死亡，败坏水质。所以经常早上水变得白蒙蒙的。如此水质时好时坏，就像天气忽冷忽热一样，并不利于鱼的健康。因此，稳定的过滤会带来稳定的水质，一定要不间断运行。
